В апреле 1965 года В. А. Головко переведен на работу в Ленинградский Обком КПСС на должность заместителя заведующего отделом строительства. На новой работе он с полной отдачей сил и энергии организует деятельность строительных организаций и предприятий-заказчиков на выполнение планов строительства, внес большой вклад в повышение индустриализации жилищного, культурно-бытового и сельского строительства.
За девять лет работы в Ленинградском Обкоме КПСС он приобрел большой опыт партийной работы и внес заметный вклад в воспитание кадров строительной индустрии. После землетрясения в Ташкенте он направлял и координировал деятельность ленинградских строительных подразделений, работавших на восстановлении города, участвовал также в строительстве Ленинского мемориального комплекса в 1967–1970 гг. в г. Ульяновске.
По направлению Ленинградского Обкома КПСС В. А. Головко с 15 мая 1974 года работает заместителем начальника Ленинградского главного территориального управления Госснаба СССР. На этой работе он внес большой вклад в развитие, расширение и техническое перевооружение производственно-складской базы предприятий и организаций Главка.
В. А. Головко награжден пятью орденами Советского Союза и двенадцатью медалями. За ратные подвиги в Великой Отечественной войне 1941-45 гг. награжден орденами Отечественной войны II степени, Славы III степени, медалями «За боевые заслуги» и «За оборону Ленинграда».
С 1986 года В. А. Головко является пенсионером союзного значения.