В Челябинской области, например, Положением об экологическом фонде расширен перечень источников поступления и направлений расходования средств фонда, предусматриваются страховой аварийный и иные фонды. Председателем правления фонда является руководитель областной Госкомприроды, сопредседателями — председатель депутатской комиссии по охране природы и заместитель главы областной администрации. Исполнительная дирекция ежеквартально отчитывается перед правлением.
Аппарат челябинского фонда составляют девять человек с фондом заработной платы около 0,1% средств областного фонда. Районные и городские (местные) экологические фонды созданы в 9 из 42 районов области: в большинстве средства аккумулируются при местных представительных органах и при администрациях. Аппарат фонда берет на себя значительные функции по взысканию средств в фонд — с помощью компьютерной техники ведет учет сумм, которые должен получить и фактически получил от предприятий, учреждений, организаций, граждан; инвентаризует промышленные и иные отходы, их вывоз и складирование, строительство и состояние эксплуатации очистных сооружений; премирует из своих средств инспекторов Госкомприроды за законную деятельность, направленную на пополнение фонда. Постановлением главы администрации Челябинской области предусматривается безакцептное взыскание платежей с предъявлением штрафных санкций за просрочку, и это несмотря на некоторое сопротивление ряда финансистов.
В Ленинградской области и городе Санкт-Петербурге фонды не считались юридическими лицами, а рассматривались в качестве внебюджетных счетов при Госкомприроде. Смета расходования утверждалась администрацией. Фактическое управление фондами осуществлялось комиссией, которая занималась регулированием и пересмотром платежей, стимулированием природоохранных мероприятий. В области решения комиссии утверждались, как правило, администрацией; в городе решение комиссии не утверждается.
Из вышеизложенного следует, что основным каналом осуществления контроля за государственными экологическими фондами является деятельность представительных, а также вышестоящих по отношению к фондам исполнительных органов власти. Согласно ст. 32 Конституции РФ, граждане, их партии, молодежные, иные общественные организации и массовые движения участвуют в управлении государственными и общественными делами через своих представителей и в других формах. Это полностью относится и к экологическим фондам.
По Закону РФ об основах бюджетных прав решения об использовании средств внебюджетного фонда подлежат опубликованию в средствах массовой информации или доводятся до сведения населения иным способом, исходя из соответствующих возможностей. Отчеты публикуются в специальных статистических сборниках в течение года со дня принятия решений об их утверждении (ст. 30).