С захватом Украины и Центральночерноземного района немецко-фашистскими оккупантами наша страна временно потеряла основную свекловодческую базу. Поэтому во время войны в тыловых районах, главным образом в восточных, создавались крупные базы по производству сахарной свеклы. В Средней Азии свеклосеяние заняло прочное место в севооборотах наряду с хлопком. Посевы сахарной свеклы значительно увеличились в Узбекистане, Киргизии и Казахстане, где ее раньше не сеяли.
Освоение производства сахарной свеклы в новых районах было сопряжено с большими трудностями. Потребовалось заново разработать агротехнику применительно к природным и экономическим условиям этих районов. Колхозы осваивали культуру сахарной свеклы в условиях отсутствия специального инвентаря и большого недостатка тягловой силы. Посевы сахарной свеклы были рассредоточены, располагались далеко от заводов, что затрудняло доставку свеклы на приемные пункты.
Колхозы и совхозы с большим напряжением преодолевали трудности. Колхозники прошли обучение по агротехнике возделывания новой культуры. Рабочие МТС переоборудовали инвентарь. Были заготовлены местные удобрения и созданы необходимые запасы семян. Специалисты выезжали на село и оказывали необходимую помощь в проведении сева и обеспечении должного ухода за посевами.
Несмотря на некоторые успехи в развитии свеклосеяния в восточных районах, потери свеклосахарного производства не компенсировались. В 1942 г. валовые сборы сахарной свеклы составили только 12% довоенного уровня, в 1943 г. они снизились до 7%. В 1944 г. производство сахарной свеклы возросло, но составило лишь 23% уровня 1940 г. На урожайности сахарной свеклы в новых районах и областях свеклосеяния отрицательно сказались нарушения требований агрокультуры: несоблюдение севооборота, недостаточное внесение удобрений, затягивание агротехнических сроков ухода за посевами из-за нехватки рабочих рук.
Война нанесла серьезный удар по льноводству. На временно оккупированной врагом территории осталось более половины всех посевных площадей льна в стране. Потеря таких важнейших льноводческих районов, как Белоруссия, Северо-Западный район и часть Центрального, а также вновь созданных за годы Советской власти районов льноводства на Украине обострила необходимость быстрого продвижения льноводства в новые районы, особенно на восток и Европейский Север.
Война поставила перед восточными и северными районами задачу компенсировать потерю временно оккупированных льноводческих районов и удовлетворить потребности народного хозяйства в льняном сырье. Выполнить эту задачу удалось лишь частично. В 1941 г. валовой сбор волокна льна-долгунца снизился и составил лишь 38% довоенного уровня; с 1942 г. он стал расти и составил в конце года 60% довоенного уровня, но в 1943 г. опять уменьшился до 45%. Примерно на этом уровне он оставался в последующие годы войны.
За годы войны Вологодская область и Коми АССР расширили посевы льна, но в Архангельской области посевные площади под льном остались на довоенном уровне.
Значительный вклад в возмещение потерь в льноводстве могли внести Урал и Сибирь, которые располагали благоприятными природными и экономическими условиями для развития льноводства. Большие массивы земель, слабая насыщенность льном и другими техническими культурами, высокая урожайность льна и хорошее качество волокна — все это создавало предпосылки для развития в этих районах льноводства. До войны на Урале льноводство развивалось главным образом в Пермской области, которая издавна славилась высококачественным волокном. Здесь имелись и большие возможности по первичной обработке льна, но использовались они далеко не полностью из-за недостатка собственного сырья.
В первые годы войны на Урале расширились посевные площади под льном, особенно в Пермской и Свердловской областях. Но в дальнейшем эти области не достигли устойчивого прироста посевов льна. В 1943 г. здесь произошло сокращение посевов льна, в результате чего они остались на довоенном уровне. В годы войны и в Сибири льноводство не получило должного развития. Сельскохозяйственные органы не уделяли достаточного внимания производству этой культуры, несмотря на всю ее ценность.
Производство льна было плохо механизировано, хотя, как известно, это очень трудоемкая культура. Посевные площади были крайне распылены. В процессе производства допускались крупные потери, значительная часть льна оставалась невытеребленной, неразостланной, не выбранной со стелищ. Все это приводило к крайне низкой товарности льна, особенно в Кировской, Вологодской и Архангельской областях, Удмуртской и Марийской АССР, в районах Сибири. В этих районах из-за больших потерь урожая из года в год не выполнялись планы заготовок волокна.