В условиях войны большое стратегическое значение имел хлопок. Проблема хлопка была решена еще до войны. СССР благодаря успехам колхозного строительства из страны, импортирующей хлопок, превратился в страну, поставляющую его другим государствам. Средняя Азия и Закавказье стали основными базами советского хлопководства. Перед среднеазиатскими и закавказскими республиками партия поставила задачу еще больше увеличить ресурсы хлопка. Однако, как уже отмечалось, хлопководческим республикам в условиях войны было необходимо организовать производство зерна для собственных нужд и армии, а также новых для них технических культур: сахарной свеклы, клещевины и др. Потому некоторая часть орошаемых земельных массивов была выделена для размещения производства зерновых и технических культур, а задачу увеличения производства хлопка можно было решить только одним путем — за счет повышения урожайности.
Но на этом пути стояла непреодолимая в годы войны преграда — острый дефицит минеральных удобрений. В довоенные годы хлопкосеющие районы получали большое количество минеральных удобрений. С начала войны завоз минеральных удобрений резко сократился и в последующие годы находился на крайне низком уровне, так как химическая промышленность была перегружена военными заказами. Практически хлопководческие хозяйства остались без минеральных удобрений, что привело к понижению урожайности хлопка, поскольку, как известно, орошаемые земли очень бедны азотом. Хлопководы пошли по пути замены минеральных удобрений местными, и в частности навозом, но это не спасло положение. Отрицательно влияло на урожайность хлопка и ухудшение агротехники. Из-за недостатка квалифицированных поливальщиков-мирабов, призванных в армию, приходилось вместо практиковавшихся до войны бороздковых поливов широко применять сплошные поливы путем затопления.
В результате сокращения в годы войны площадей хлопчатника по сравнению с довоенным уровнем хлопководческие республики недодавали стране сотни тысяч центнеров хлопка. В целом по стране посевы хлопчатника сократились с 2,08 млн. га в 1940 г. до 1,21 млн. га в 1945 г., или на 42%.
За годы войны значительно сократилось и производство пенькового сырья. Серьезный ущерб был нанесен пеньковой промышленности. Многие заводы первичной обработки были разрушены врагом, причем потери заводов произошли главным образом в областях наибольшего товарного коноплеводства.
Уборка и обмолот конопли и до войны были недостаточно механизированы, а за годы войны количество уборочных машин еще уменьшилось. Затяжка уборки и обмолота приводила к потере значительной части урожая. К снижению урожайности и товарности конопли вела распыленность ее посевов по областям, районам и колхозам, что исключало должное обеспечение этой культуры агрообслуживанием.
Обработка тресты (получение из тресты волокна) должна была производиться пенькозаводами, на которых этот процесс был механизирован. Однако вследствие малой мощности заводы не могли полностью обработать товарный сбор тресты. Первичная обработка остального количества тресты производилась самими колхозниками вручную, что требовало значительных затрат труда. Между тем отсутствие в колхозах необходимой для этого рабочей силы приводило к большим потерям сырья.
Из-за недостаточного обеспечения пеньковым сырьем резко сократилась выработка готовой продукции. В результате неудовлетворительного состояния коноплеводства и плохой работы заводов первичной обработки выработка пеньковых изделий была ниже довоенной.
Война причинила большой ущерб производству масличных культур. На временно захваченной врагом территории находилась большая часть посевов сои, арахиса, подсолнечника, горчицы и почти все посевы клещевины. За годы войны посевные площади по всем видам масличных культур, кроме рыжика, сократились. Так, посевы подсолнечника — наиболее важной масличной культуры — в 1941 г. уменьшились по сравнению с довоенным уровнем на 25%, а в 1942 г. — на 61%. Хотя начиная с 1943 г. площади подсолнечника возрастали, но по отношению к довоенному уровню в 1943 г. составили только 76%, в 1944 г. — 81, в 1945 г. — 82%.
В 1941 — 1943 гг. посевные площади и валовые сборы подсолнечника снизились в Казахстане, Поволжье, Центральночерноземной зоне, Сибири и на Дальнем Востоке, хотя в этих районах имелись условия для расширения его посевов. Производство подсолнечника медленно восстанавливалось в освобожденных от фашистских захватчиков основных районах его возделывания. К 1943 г. валовой сбор подсолнечника на Украине составил 38% довоенного уровня, в 1944 г. — 48%. В 1944 г., когда был получен самый высокий за годы войны сбор подсолнечника, на Северном Кавказе он составил 38% довоенного уровня, а в Центральночерноземной зоне — лишь 28%. В целом по стране валовой сбор подсолнечника достиг в 1944 г. только 38% довоенного уровня.