Во-вторых, пуритане, быть может, не осознавая этого до конца, проповедовали такую церковь, в которой власти монарха не оставалось места. Они полагали, что церковь должна быть самостоятельна по отношению к государству и руководствоваться в своей внутренней жизни только «Божьим законом», выраженным в Священном Писании, светские же владыки не должны были навязывать ей свои установления. В религиозных общинах Женевы, служивших английским пуританам образцом, давно была устранена иерархия власти внутри духовенства, да и само духовенство как таковое; общинами руководили их выборные члены. В англиканской же церкви все еще сохранялась вертикальная структура власти: на вершине этой пирамиды стоял сам монарх как ее глава, за ним — фактический примас, архиепископ Кентерберийский, затем — епископы, архидьяконы, дьяконы и т. д. В пуританском требовании разрушить эту систему Елизавета увидела вызов собственной власти, самому принципу монархического управления. Наверняка эти люди думали лишь о реформе церкви и более справедливом устройстве ее внутреннего мира, когда предлагали лишить епископов пышных облачений. Их богатые ризы вызывали у пуритан едва ли не большее раздражение, чем сами вельможные иерархи. Но когда между теоретиками пуританизма и англиканства еще только шли споры об облачениях, королева Елизавета уже ясно видела перспективу, к которой приведут предлагаемые нововведения, — «сначала они потребуют упразднить власть епископа, а потом и самого монарха». Потому на все просьбы и петиции пуритан она отвечала решительным «нет», заявляя, что «она — верховная глава церкви после Господа Бога и обладает всей полнотой власти и авторитетом… Она решительно не примет никаких предложений о нововведениях, не изменит ни одного закона, которыми управляется в настоящее время церковь в Англии».
В 1571 году королева издала специальный акт против пропуритански настроенных священнослужителей, чтобы заставить их соблюдать все установленные нормы англиканской службы. Однако радикальное движение ширилось, вербуя новых сторонников даже в высших эшелонах власти: Лейстер, Уолсингем, Ноллис покровительствовали ему в Тайном совете. Успеху пуританской пропаганды в большой мере способствовал рост католической угрозы со стороны Испании. В 1582 году пуритане созвали свой первый синод, где было принято соломоново решение: чтобы не вступать в открытый конфликт с властями, пуританским священникам предписывалось внешне соблюдать англиканские обряды, а втайне совершать службу по кальвинистскому образцу. Елизавета не оценила столь своеобразного проявления лояльности, усмотрев в нем всего лишь лицемерие. Архиепископ Кентерберийский Уитгифт, чтобы противостоять подпольной практике, повелел всем священникам принести присягу и подписаться под несколькими статьями доктринального характера, обязуясь свято следовать традиционным нормам. Отказавшиеся рисковали должностью и саном. На политическом небосклоне барометр предсказывал бурю. Королеву бомбардировали петициями и жалобами на самоуправство архиепископа «Божьи люди», как называли пуритан, она же приняла сторону Уитгифта. Отчаявшись снискать поддержку ее величества, пуритане обратились к другой политической силе — парламенту.