Нравы XVI века не предполагали никакой интимности, как и дворцы, в которых жили люди в ту пору, не были созданы для уединения. Покои располагались анфиладой, и, будь то кабинет, спальня или библиотека, через них непрерывно сновали придворные, чтобы пройти в другие залы. Множество слуг и придворных присутствовали как при отходе сильных мира сего ко сну, так и при их пробуждении, туалете, трапезе и т. д. Лорд Сеймур завел привычку, шествуя по утрам полуодетым, заглядывать в спальню к Елизавете, чтобы пожелать доброго утра, и, если она еще не поднялась, самолично раздвинуть полог и дать ей дружеский шлепок. Иногда его шутки были грубее, тогда девочка стыдливо пряталась от него в подушках в глубине постели. В конце концов даже добродушная Кэт Эшли заявила адмиралу, что его вид непотребен, а шутки непристойны. Сеймур изумился и изобразил обиду: по его словам, он не имел в виду ничего дурного. Придворные сплетники, разумеется, нашептывали предостережения Екатерине Парр, но она со смехом отметала их. Чтобы загладить неловкость мужа, она стала вместе с ним навещать по утрам девушку, которую считала дочерью. Елизавета тоже пыталась постоять за себя по мере сил: начала вставать раньше, и нагрянувший Сеймур часто заставал ее уже за книгами. Сэр Томас тем не менее не изменил своим опасным привычкам, и скандал разразился, когда Екатерина Парр застала его держащим Елизавету в объятиях.
Ее воспитанница не знала куда деваться от стыда и была в ужасе от того, что ее заботливая покровительница может заподозрить в происшедшем ее вину. Этого, по-видимому, не произошло, и между женщинами сохранились добрые отношения, но они не могли не стать прохладнее. Опасаясь повторного инцидента и памятуя о том, что она несет перед советом ответственность за нравственность и чистоту принцессы, Екатерина Парр решила отослать ее подальше от мужа, и по весне та отправилась в Хертфордшир в поместье Чешант под опеку обходительного сэра Энтони Дэнни. Елизавета по-прежнему чувствовала себя пристыженной и от сильных переживаний слегла, с ней приключился первый из нервных срывов, которые потом часто повторялись, оставляя после себя мучительные, изводившие ее мигрени.
Забыться ей помогали занятия с Роджером Эшамом, и она погрузилась в них с головой. Это было бегством от реальности, в которой ей грозили неожиданные опасности от людей, пытавшихся манипулировать ею. По счастью, девизом Эшама было: «Науки — это убежище от страха». Они занимались латынью и греческим, Елизавета переводила древние тексты с одного языка на другой, а затем обратно. Остальное время отводилось теологии, чтению и комментированию священных текстов и трудов протестантских авторов и конечно же истории. К ее французскому и итальянскому в это время прибавились испанский, фламандский и немецкий. В перерывах Елизавета упоенно скакала верхом по полям Хертфордшира, так как была прекрасной наездницей, а учитель полагал, что физические упражнения необходимы его подопечной.
Едва она обрела душевное равновесие, проведя год в вынужденном уединении в Хертфордшире, как из Лондона пришло известие о том, что Екатерина Парр умерла во время родов. Лорд-адмирал, чьи руки оказались теперь развязаны, энергично возобновил свои попытки подняться к вершинам власти. Он очень сблизился с мальчиком-королем, стараясь превратиться в его главного советника и друга и уменьшить влияние своего брата, протектора Сомерсета. Елизавете по-прежнему отводилась важная роль в его планах. Когда в конце 1548 года казначей ее двора Томас Перри приехал по делам в Лондон, лорд-адмирал имел с ним долгую беседу, выяснив массу подробностей о состоянии финансов принцессы, принадлежащих ей поместьях и доходах от них. Он попутно дал Перри несколько дельных советов о том, какие земли можно было бы выгодно приобрести для его молодой госпожи. Должно быть, по чистой случайности все они граничили с его собственными владениями или были окружены поместьями его верных друзей. Перри поделился впечатлениями от этой встречи с Кэт Эшли, и кумушка Кэт возликовала: не иначе как адмирал возобновит свои ухаживания за Елизаветой! Но когда она спросила принцессу, вышла бы та замуж за Томаса Сеймура — ведь он великолепная партия, то в ответ услышала твердое «нет». Она очень повзрослела за год своей ссылки. Прежняя робкая влюбленность, если она и имела место, сменилась трезвой оценкой претендента на ее руку. Холодный вердикт, вынесенный девушкой, которой еще не исполнилось шестнадцати, зрелому человеку, мнившему себя великим государственным деятелем и политиком, был обескураживающим: «Он умен, но ему не хватает рассудительности».
Через несколько месяцев это полностью подтвердилось. Зимой 1549 года у Сеймура все было готово для совершения государственного переворота. По-видимому, он намеревался захватить короля, заставить его отстранить лорда-протектора и назначить себя новым регентом. Дальнейшее можно было легко предсказать: он женится на Елизавете и, может быть, со временем станет королем.