Однако ночью 17 января, когда лорд-адмирал попытался в неурочный час войти в покои Эдуарда, его арестовали, и местом его следующего ночлега стал Тауэр. Его участь была решена, и плаха явилась закономерной расплатой за попытку государственной измены.
Королевский совет, однако, заинтересовался ролью принцессы Елизаветы во всей этой истории. Знала ли она о планах Сеймура, предлагал ли он ей жениться втайне от совета и что она отвечала, состояли ли они в переписке, вели ли переговоры через третьих лиц? Положительный ответ на любой из этих вопросов означал бы, что она — соучастница государственного переворота с целью свержения собственного брата. Старый эпизод со скандалом в доме Парр был извлечен на свет и предан огласке. Не были ли они в сговоре еще при жизни жены лорда-адмирала?
В Хэтфилд-хаус, где Елизавета жила в то время, отправили некоего Р. Тирвитта, чтобы допросить принцессу и добиться от нее правды. Допросы затянулись на много дней. Если прежде вопрос о ее отношениях с лордом-адмиралом вызывал у Елизаветы краску стыда и естественное смущение, то теперь он рождал леденящий страх. Впервые принцесса оказалась так близка к эшафоту, куда на ее глазах всходили очень многие. На все вопросы Тирвитта она отвечала упорным «нет», периодически разражаясь слезами, но он не верил ее нервическим припадкам, считая их, возможно не без оснований, игрой. Ее казначея Томаса Перри и Кэт Эшли бросили в Тауэр, добиваясь признания, что они служили посредниками между Елизаветой и Сеймуром. Те отрицали все. Тирвитт, сам измотанный допросами, доносил лорду-протектору, что Елизавета, по его мнению, виновна и что-то скрывает, но от нее трудно добиться истины, ибо «у нее очень острый ум и ничего невозможно вытянуть из нее без больших ухищрений». Он подталкивал принцессу к тому, чтобы переложить вину на приближенных, которые якобы плели интриги за ее спиной, но она не предала верную Кэт Эшли. В ней взыграло упрямство, достойное отца, и сама будучи на волосок от смерти, она тем не менее послала протектору Сомерсету дерзкое письмо, требуя вернуть ей любимую воспитательницу, вырастившую ее. «Она была со мной в течение долгого времени, многие годы и положила немало сил и трудов, чтобы воспитать меня в честности, поэтому мои обязанность и долг вступиться за нее, ибо святой Григорий учит, что мы более привязаны к тем, кто нас вырастил, чем к собственным родителям. Родители делают только то, что естественно для них, то есть приводят нас в этот мир, те же, кто воспитывает нас по-настоящему, дают нам возможность чувствовать себя хорошо в нем!» Подписывалась «подследственная» с истинным достоинством королевской дочери, несмотря на то, что обращалась к тому, от кого зависела ее судьба: «Ваш убежденный друг, насколько это в моих силах».
Когда страсти утихли и ее наконец оставили в покое, так ничего и не добившись, Елизавета снова слегла в полном нервном истощении. Но труднейший экзамен, где ей пришлось проявить и стойкость, и изворотливость, и хитрость, она выдержала, в первый раз отстояв свою жизнь. Она двигалась среди опасностей ощупью, сама выбирая путь и не имея наставников в искусстве политики, на роль которых не годились верные слуги вроде Перри или Эшли, их она переросла (Елизавета, кстати, извлекла обоих из Тауэра, отстояв их невиновность). Скорее ее подлинными советниками были Цицерон и Тит Ливий, вооружившие молодую принцессу бесценными знаниями о природе политики и прецедентами из истории великого Рима, изобиловавшей жестокой борьбой. Они научили ее вести полемику, красноречиво защищаться и убедительно атаковать, античные примеры отточили стиль ее писем, заострили аргументацию.
История и теология по-прежнему оставались ее страстью. В минуты испытаний Елизавета, как и прежде, не отпускала от себя Роджера Эшама, находя в общении с ним успокоение. Наставник восхищенно писал другу о своей ученице: «Ее ум лишен женской слабости».
Елизавете импонировали комплименты такого рода. Спустя год, когда ей исполнилось восемнадцать, она сама со своеобразной гордостью написала брату Эдуарду: «Моя внешность, быть может, и заставит меня покраснеть, что же касается ума — его я не побоюсь явить».