Единственной реальной сущностью стоики признают телесное, так как только оно обладает способностью действовать и испытывать действие. Но в мире вещей стопки различают два принципа: бескачественную, инертную материю и пронизывающую ее творческую силу, которую стоики именуют по-разному — логос, разум, бог, Зевс, рок. Но творческое начало существует не отдельно от материи, а в ней самой, проницая ее всю; бескачественная инертная материя благодаря ее слитности с творческим началом динамична; материя «вся и насквозь превратима, изменчива, переменчива, текуча». Бог у стоиков отожествляется с природой и определяется как «искусный огонь, шествующий по пути для творения мира, включающий в себе все семенные разумы, по которым все возникает в соответствии с роком» (Aetius, Dox. 305). Как поясняет Цицерон (de deor. nat. II, 57), «Зенон считал, что основное свойство искусства — творить и созидать; то, что в произведениях наших искусств творит рука, то гораздо искуснее творит природа, т. е. то, что я назвал искусным огнем».
Не признавая деятельной самое материю, вводя принцип творческого разума (λόγος σπερματικός, «семенной логос»), но не признавая вместе с тем реального существования духовной сущности, стоики приписывают телесное существование и «духу», «богу», «разуму», чтобы устранить дуализм косной материи и творческого разума, бога и т. д.; тем самым различие между материей и духом уничтожается; остается только деятельная материя. Но такого вывода стоики не сделали; это создало множество трудностей и противоречий в их учении и оставило широко открытые двери для различных богословских теорий, все больше вытеснявших материалистическую основу физики стоиков.
Из отожествления природы и бога, материи и разума, из признания реальности только за телесным стоики делали логические выводы. Зенон, по словам Цицерона, «полагал, что природа ничего не может произвести бестелесного, все, что творит или творится, не может не быть телом». И стоики объявляют телесными отвлеченные понятия! «Ты спрашиваешь, — пишет Сенека (ер. 106, 3), — является ли благо телом. Благо творит, ибо приносит пользу; а то, что творит, есть тело. Благо приводит в движение дух, каким-то образом формирует и сдерживает его, а это присуще телу. Все, что является благом для тела, тем самым само есть тело; а также благо души, ведь и она — тело. Я думаю, ты не станешь сомневаться в телесности аффектов — как гнев, любовь, печаль. Если сомневаешься, посмотри, разве они не изменяют у нас черты лица, сморщивают лоб, растягивают лицо, вызывают румянец, прогоняют кровь? Что же, думаешь ли ты, что столь явные отметины запечатлеваются на теле чем-либо иным, кроме тела? А если аффекты — тела, то и болезни духа — жадность, жестокость, закоренелые пороки…» Плутарх смеется над стоиками: «они считают живыми существами не только добродетели и пороки, не только аффекты — гнев, зависть, огорчения, злорадство — не только восприятия, воображение, незнание, не только искусство сапожника или медника, — они даже различные деятельности тела считают телами и живыми существами, — хождение, пляску, наставления, разговоры, брань».
Если свойства тел сами представляют собой нечто телесное, то тело представляется стоикам как смесь. При этом они различают простые механические соединения, более тесное смешение (μιξις), при котором составные части сохраняют свою сущность, например душа и тело, огонь и железо, смесь (κράσις), в которой уже нельзя выделить каждый из ингредиентов (смешение жидкостей), наконец, слияние (σύγχυις), когда в результате смешения ингредиенты приобретают новые качества. Стоики подчеркивают, что при полном смешении малого с большим первое пронизывает все (κρασις δι’ όλων).