Судебное разбирательство затягивалось, заседания проходили в обстановке ненависти и беспорядка. Неисправимый Дерулед организовал совместно с Жюлем Гереном вооруженное выступление протеста, которое начало свои действия 12 августа и завершилось осадой «Форта Шаброль»[266] полицией и изгнанием повстанцев. В понедельник 14 августа незнакомец, шедший по улице следом за Лабори, внезапно выхватил пистолет, выстрелил ему в спину и скрылся. Пуля чудом прошла мимо позвоночника, не задев его, Лабори вскоре поправился и снова вступил в бой. «Ах, мой дорогой, мой большой и мужественный друг, какую радость мы испытали сегодня утром, узнав, что вы вне опасности! – пишет ему Золя. – Так и вижу, как вы, герой и мученик, великолепный защитник права, снова занимаете свое адвокатское место перед военным судом под аплодисменты всего мира».[267] Ждали очной ставки между Дрейфусом и Эстергази, но последний, находившийся в то время в Англии, и не думал оттуда возвращаться, он ограничился заявлением издалека, что действительно написал ту записку, но текст ее был продиктован ему Дрейфусом. Военный суд оказался в крайнем замешательстве. Он сознавал, что, оправдав Дрейфуса, настроит против себя всю армию и доставит удовольствие лишь нескольким дрейфусарам и кучке журналистов за границей. Этого следовало избежать любой ценой. И тогда нашли половинчатое решение. Девятого сентября 1899 года пятью голосами против двух Дрейфус был признан виновным, но
Он не ошибся. Правительство, окончательно запутавшись, решило помиловать и амнистировать Дрейфуса. Однако в его случае прибегнуть к этой мере было равносильно тому, чтобы косвенным образом признать собственную вину. Клемансо, Жорес, Пикар, Лабори, Золя были против такого исхода, удобного, но вместе с тем и позорного. Но поскольку Дрейфус был уже донельзя измучен всем, что ему пришлось вытерпеть, его брат Матье, Бернар Лазар и Жозеф Рейнах посоветовали согласиться. В военных кругах уже начали перешептываться о том, что если Дрейфус и не состоит в тайных сношениях с Германией, то, должно быть, с Россией уж точно состоит. Так что лучше было постараться побыстрее закончить эту историю, отделавшись «малой кровью». Отказавшись подавать кассационную жалобу на странное решение военного суда, Дрейфус дал понять, что примет помилование, не лишая себя возможности в будущем воспользоваться своим правом на законный пересмотр дела. Девятнадцатого сентября 1899 года президент республики Эмиль Лубе подписал указ о помиловании Дрейфуса, и тот вышел из тюрьмы свободным, но не восстановленным в своих правах человеком.