Поскольку президент Адамс выражал явное отсутствие энтузиазма по поводу всего проекта, организация армии не прошла гладко. В ноябре 1798 года Гамильтон встретился с Вашингтоном и Пинкни в Филадельфии, чтобы назначить офицеров и набрать войска. Поскольку армия предназначалась не только для противостояния французам, но и, предположительно, для подавления внутренних мятежей и даже политической оппозиции, офицеры должны были быть одновременно талантливыми и скрупулезно федералистскими; поэтому процесс назначения шел медленно. Субординация была запутанной, Гамильтон отдавал приказы своему мнимому начальнику, военному секретарю, а набор и снабжение солдат страдали от задержек и неразберихи, Гамильтон препирался по самым пустяковым мелочам, включая то, как должны быть застегнуты шляпы солдат. Что еще более тревожно, готовность Вашингтона участвовать в создании армии начала остывать; в конце концов бывший президент отказался от проекта и вернулся в Маунт-Вернон, основательно разочаровавшись в происходящем в стране. К тому времени, когда Новая армия была распущена в мае 1800 года, она превратилась в посмешище.
Еще до принятия законов об иностранцах и подстрекательстве к мятежу некоторые южные республиканцы думали о том, как защитить свободу и секционные интересы Юга от растущей власти национального правительства. Весной 1798 года Джон Тейлор, который быстро становился совестью республиканской партии, написал Монро и Джефферсону о своих опасениях. Если не остановить федералистов, говорил Тейлор, "южные штаты потеряют свои капиталы и торговлю, и... Америка обречена на войну, постоянные армии и деспотичное налогообложение". Тейлор даже поднял вопрос о том, что некоторые южные штаты могут выйти из состава Союза. В ответ Джефферсон попытался успокоить Тейлора. Господство федералистов было неестественным и временным. "Немного терпения, - писал Джефферсон в своем знаменитом письме от 4 июня 1798 года, - и мы увидим, как царствование ведьм пройдет, их чары будут сняты, а народ обретет истинное зрение и вернет свое правительство к его истинным принципам".72
Однако после принятия летом 1798 года Закона об иностранцах и подстрекательстве к мятежу Джефферсон изменил свою точку зрения, тем более что он видел, как федералисты прибегают к всевозможным коварным приемам, чтобы поддержать свою популярность. Обычно сангвинический вице-президент впал в отчаяние. Он думал, что если эти законы будут приняты американским народом, то Конгресс в следующий раз разрешит президенту служить пожизненно, что станет первым шагом к тому, чтобы сделать этот пост наследственным, а затем учредит пожизненное членство в Сенате. Некоторые федералисты, по его мнению, даже хотели восстановить власть Георга III над американским народом. Он считал, что нападение федералистов на свободу прессы было прелюдией к нападению на свободу религии; отрицание свободы прессы "давало духовенству очень приятную надежду на установление определенной формы христианства в США". С некоторым основанием он даже опасался, что "наш Буонапарте" Гамильтон с новой армией может вторгнуться в Виргинию, чтобы подавить инакомыслие.73 На самом деле республиканцы в целом были напуганы тем, что они называли движением федералистов к монархии и войне с Францией, так же как федералисты были напуганы тем, что они называли радикальными усилиями республиканцев по сотрудничеству в переносе Французской революции в Америку.
Федералисты и республиканцы имели законные основания для своих опасений, но их крайняя партийность расколола страну сильнее, чем когда-либо с 1776 года. Федералистская газета в Вирджинии предсказывала "окончательный призыв к оружию со стороны двух великих партий". Республиканец Уильям Бранч Джайлс из Вирджинии надеялся "увидеть отделение этого штата от Всеобщего союза".74
Поскольку Конгресс находился под контролем федералистов, вице-президент и республиканцы Юга и Севера считали, что федеральное правительство фактически превратилось в "иностранную юрисдикцию", и стали обращаться к штатам как к лучшему средству противостояния тирании федералистов. Хотя Джефферсон считал, что федеральное правительство стало "более произвольным и поглотило больше общественной свободы, чем даже английское", он полагал, что "правительства наших штатов - самые лучшие в мире, без исключения и сравнения".75 В штатов можно было найти целостность и решение проблем Америки.