Проблема заключалась в том, что не все республиканцы восприняли его атаку на патронаж так же серьезно, как он сам. Многие из них, встревоженные его инаугурационной речью о том, что "мы все республиканцы, мы все федералисты", считали, что он может не до конца изгнать врага. Некоторые не хотели присоединяться к правительству, в котором у них будет мало источников влияния. Например, в связи с планировавшимися сокращениями в военно-морском флоте Джефферсону пришлось пойти на пятый вариант, прежде чем он получил Роберта Смита из Мэриленда на должность военно-морского секретаря. Джефферсон пытался заверить своих коллег, что примирительные слова в его инаугурационной речи относились только к большому числу федералистов, а не к их лидерам. Но республиканцы хотели большего, чем просто убрать нескольких офицеров. "Выборное правительство было бы действительно презренным, - заявлял Уильям Дуэйн из "Авроры", - если бы единственным его следствием была смена нескольких высших лиц, без учета добродетелей и честности подчиненных агентов".68
Джефферсон чувствовал себя ущемленным подобным давлением. "Именно дела, связанные с перемещением и назначением, - ворчал Джефферсон Джону Дикинсону в июне 1801 года, - представляют собой серьезные трудности. Все остальные по сравнению с ними - ничто". Снова и снова президент оказывался зажатым между своей добросовестной решимостью избежать чего-либо, напоминающего гамильтоновскую коррупцию, и настоятельными требованиями своих соратников-республиканцев предоставить им те должности, которых они заслуживали. В своем ответе группе купцов из Нью-Хейвена в июле 1801 года он предложил республиканцам по крайней мере "пропорциональную долю в руководстве государственными делами", под которой он, по-видимому, подразумевал примерно половину должностей. Его коллеги-республиканцы, однако, истолковали эту фразу как нечто более близкое к трем четвертям, и это стало правилом. Федералисты были в ярости и осуждали президента за то, что он "глава партии, а не нации". Неудивительно, что Джефферсон жаловался, что смещение и назначение должностных лиц было самым тяжелым бременем его президентства.69
Разумеется, как только на смену федералистам пришли республиканцы, у республиканцев больше не было необходимости идти на компромисс в вопросе патронажа, и снятие с должности по политическим причинам прекратилось. При Джефферсоне и его преемниках-республиканцах Джеймсе Мэдисоне, Джеймсе Монро и Джоне Куинси Адамсе назначенцы федерального правительства стали постоянными чиновниками, состарившимися на своих постах.
Тем не менее, многие конгрессмены-республиканцы по-прежнему стремились изолировать себя от любого влияния исполнительной власти, желая не допустить превращения Конгресса в "коррумпированный, подневольный, зависимый и презренный орган", подобный британской Палате общин. Поскольку сам Джефферсон был "против предоставления контрактов любого рода членам законодательного органа", Конгресс в 1808 году прямо запретил эту практику, чтобы сохранить, как выразился один конгрессмен из Вирджинии, "чистоту представительного органа".70 Однако, несмотря на эту законодательную изоляцию, Джефферсон смог лично руководить Конгрессом и Республиканской партией в необычайной степени. Он использовал комбинацию своего первоначального патронажа и некоторых импровизированных форм политического влияния - в частности, он использовал конфиденциальных законодательных агентов и устраивал по будням званые обеды с конгрессменами, обычно в количестве восьми человек, на которых не присутствовали женщины.
Как заметил федералист Манассех Катлер в 1802 году, Джефферсон не проводил пиршеств, а вместо этого устраивал обеды для конгрессменов по очереди. "Как ни странно", - сказал Катлер, - "(если вообще что-то здесь может быть странным) одновременно приглашаются только федералисты или только демократы". Идея, как объяснил Джефферсон в 1806 году, заключалась в том, чтобы собрать конгрессменов и президента вместе, чтобы "узнать друг друга и иметь возможность немного объяснить обстоятельства, которые, [если] не будут поняты, могут вызвать ревность и подозрения, вредные для общественных интересов". Разумеется, по мере того как число федералистов в Конгрессе сокращалось, все меньше их нужно было приглашать на ужин.71
Однако личное влияние Джефферсона и его выдающиеся достижения на посту президента не могут заслонить замечательную трансформацию традиционного значения правительства, которую произвела республиканская революция 1800 года. В первые десятилетия девятнадцатого века, особенно после ухода Джефферсона с поста президента, правительство Соединенных Штатов было слабее, чем когда-либо в своей истории. Иностранные иммигранты были поражены тем, что национальное "правительство" в Америке "не производит никакой сенсации". "Оно вокруг вас, как воздух, - говорил изумленный Уильям Сэмпсон, только что прибывший из Ирландии, - а вы его даже не чувствуете".72