В 1803 году президент Йельского университета Тимоти Дуайт сказал своим выпускникам, чтобы они "никогда не рассчитывали ни на средства к существованию, ни на характер, ни на народное голосование, ни на назначение в правительство, ни на государственное жалованье, ни на официальные привилегии".84 Но те, кто хотел сделать успешную политическую карьеру и был убежден, что федерализм никогда не вернется, как Джон Куинси Адамс, сын бывшего президента, и Уильям Плюмер, сенатор, а затем губернатор Нью-Гэмпшира, в конце концов присоединились к республиканскому движению. Молодой Адамс еще в 1802 году пришел к выводу, что администрация Джефферсона "пользуется поддержкой гораздо более сильного большинства народа по всему Союзу, чем когда-либо пользовались прежние администрации". Федералистская система, по его словам, была "полностью и бесповоротно отброшена и отвергнута народным голосованием. Она никогда не сможет и не будет возрождена".85
Тем не менее, другие, такие как Роберт Гудлоу Харпер из Южной Каролины и Джеймс А. Байярд из Делавэра, придерживались своих федералистских принципов и своего статуса меньшинства в Конгрессе или в правительствах своих штатов. Другие, как Фишер Эймс, призывали своих коллег "закрепиться в правительствах штатов и попытаться сделать государственное правосудие и государственную власть прибежищем мудрых, добрых и богатых".86 А другие, как Тимоти Пикеринг, государственный секретарь при Адамсе, и Роджер Грисволд, конгрессмен, а затем губернатор Коннектикута, мечтали о мести и разжигали сепаратистские заговоры в Новой Англии. Однако большинство вдумчивых федералистов понимали, что отделение северо-восточных штатов от франкофилов в остальной части страны не решит проблем Америки; ведь, как выразился Джордж Кэбот из Массачусетса, источник зла, поразившего Америку, в конечном итоге лежит не в южных штатах и не в революционной Франции, а "в политических теориях нашей страны и в нас самих".87
Ошеломленные джефферсоновским захватом, многие федералисты почувствовали, что им нужно менять свои взгляды. Их партии, по их словам, не хватало организации и газетной поддержки, которыми обладали республиканцы. А после смерти Вашингтона в декабре 1799 года у них, похоже, не стало лидера. "Федералисты едва ли заслуживают названия партии", - сетовал Фишер Эймс в 1800 году. "Их объединение - это рыхлая единица, сформированная случайно и расшатываемая каждой перспективой труда или опасности".88 В то время как республиканцы были заняты составлением билетов и использованием всевозможных изобретательных методов для привлечения избирателей, дворяне-федералисты писали письма друг другу и адресовали свои политические памфлеты "значительным (не людям) гражданам" 89.89 У федералистов не было организованного процесса выдвижения кандидатов, и часто на один и тот же пост выдвигалось несколько кандидатов, которые конкурировали друг с другом, что позволяло республиканцам побеждать, не имея большинства голосов. Многие федералисты старой закалки просто качали головой и разводили руками по поводу успехов республиканцев на выборах. Но после избрания Джефферсона некоторые федералисты попытались действовать по-другому.
Выборы 1800 года оказали катарсическое воздействие на многих федералистов. Они сняли напряжение между политикой чести и политикой партии и подготовили почву для расширения демократической политики. С распространением народной политики многие федералисты, особенно молодые, неохотно пришли к выводу, что для того, чтобы вернуть власть, им придется проглотить свою гордость и перенять некоторые методы предвыборной борьбы республиканцев. Многие теперь признали тот факт, что они действительно были партией - конечно, не корыстной фракцией, как республиканцы, но партией принципов. Начиная с Нью-Йорка в 1801 году, группы активистов-федералистов создавали в каждом штате сети собраний и комитетов, которые распространялись вплоть до населенных пунктов. Эти федералистские собрания и комитеты подбирали кандидатов, дисциплинировали членов партии и организовывали выборы, как это делали республиканцы.
Федералистская партия создавала законодательные программы и формировала собственные общества, которые могли соперничать с республиканскими обществами Таммани. Наиболее заметными были сотни Вашингтонских благотворительных обществ, которые якобы были благотворительными организациями, но на самом деле являлись оружием партии. Некоторые федералисты были настроены на мобилизацию народа так же решительно, как и республиканцы. "Мы должны заручиться благосклонностью народа, - заключал Теодор Седжвик из Массачусетса, - мы должны изучить общественное мнение и приспособить меры к тому, чем оно является, и еще больше к тому, чем оно должно быть".90