С 1947 г. Н.А.Пилюгин начал работу в институте НИИ-85 с небольшим, всего в 30 человек, коллективом над автономной системой управления первой советской ракеты дальнего действия. Уже через год она прошла испытания. Затем последовали разработки систем управления ракеты Р-2, Р-5, Р-7.
Первая вычислительная машина, может быть и примитивная по современным понятиям, была установлена им на автоматической станции "Луна-9", совершившей первую мягкую посадку на Луне. Под его руководством разрабатывались системы управления космических кораблей и межпланетных станций, ракеты "Зенит" и боевых современных ракет, до настоящего времени находящихся на вооружении.
Николай Алексеевич - контактный человек, по крайней мере, по отношению к своим смежникам. Любил свою технику, и часто пребывание у него в организации начиналось с того, что он вел в лаборатории и показывал свои новые разработки. Твердый в своем мнении, он слушал и учитывал мнение специалистов. Институт позднее стал называться НПО АП. Долгое время так называемый "почтовый ящик" организации числился под индексом 1001. Сам он часто смеялся, именуя свою организацию "институтом тысячи и одной ночи". Замечательный человек, но со своеобразным характером. У него впоследствии сложились не очень хорошие отношения с Кузнецовым, Челомеем, Рязанским, Соколовым. Некоторые ведущие работники уходили из организации даже с размолвкой. Круто обошелся со своим первым заместителем. Правда, такого рода проявления в характере были у многих главных и генеральных конструкторов. А работать с ним было интересно.
Лично я благодарен Николаю Алексеевичу за поддержку моей диссертации. На защите Пилюгин выступил как соратник Янгеля, как соавтор разработки ракет "днепровского" направления. Я понимал, что академик прибыл на защиту далеко не из-за меня, а как апологет "минометного" старта, который был темой моей диссертационной работы.
В.П.Глушко пришел в ОКБ не с пустыми руками, как он это рассказывал сам. Он и группа проектантов Химкинского двигательного КБ создали ряд ракетных схем, которые назывались РЛА - "ракетные летательные аппараты". Эта аббревиатура РЛА родилась еще в 1930-е годы в Газодинамической лаборатории, когда под руководством В.П.Глушко там разрабатывались жидкостные ракетные двигатели серии ОРМ - "опытный ракетный мотор". Последний проект ракеты тридцатых годов имел индекс РЛА-100. Проект был разработан в 1930-1932 гг. Ракета предназначалась для вертикальных полетов с расчетной высотой до 100
К этому времени в королевском КБ стабилизировалась программа пилотируемых полетов в околоземный космос на базе достижений королевской и челомеевской организаций, которые до сих пор являются рабочими лошадками. Я имею в виду "Союз" и "Протон" - других ракет не было.
Глушко предложил программу создания ракет-носителей большой массы для выведения на орбиту Земли орбитальных станций, организации межпланетных экспедиций и создания лунных баз. Причем суперракета Глушко с индексом РЛА состояла из блоков шестиметрового диаметра, компоненты - кислород и керосин. Было поручено проектному составу королевской организации разработать в течение одного года на базе материалов Глушко единую перспективную программу создания космических систем и средств выведения.
С приходом в ОКБ-1 (ЦКБЭМ) В.П.Глушко под дирижерским руководством Д.Ф.Устинова образовалось входившее в то время в моду объединение организаций -Научно-производственное объединение (НПО) "Энергия".
К 1974 г. ЦКБЭМ включало в себя ряд проектных, конструкторских комплексов, подразделений, курирующих и разрабатывающих системы управления, исполнительные органы системы управления ракет и космических аппаратов, телеметрические системы, двигательные установки:, наземные комплексы, комплексы новых материалов и технологий. В структуру входил также Завод экспериментального машиностроения, директор - В.М.Ключарев.
В НПО "Энергия", кроме конструкторских подразделений и завода в Подлипках, вошли КБ энергетического машиностроения - глушковское КБ в Химках (главным конструктором этого КБ стал В.П.Радовский), КБ "Салют", образованное в июне 1981 года отделением от челомеевского ОКБ, В.Н.Челомей остался в Реутово. Генеральным конструктором "Салюта" стал Д.А.Полухин. Филиал ОКБ-1 в Куйбышеве образовался как самостоятельная организация по разработке космических аппаратов зондирования Земли и из себя выделил конструкторское бюро под руководством Б.Г.Пензина: Д.И.Козлов после драматической истории с Н-1 отказался участвовать в разработке глушковской программы, оставив за собой ведение серийного изготовления Р-7. Таким образом сформировался достаточно мощный конструкторский куст.