В первой половине сентября 1968 года основные части и соединения Советской армии и войск стран – участниц ОВД были выведены и возвратились к местам постоянной дислокации. На территории ЧССР до 1991 года оставалось пять советских дивизий, входящих в состав Центральной группы войск Советской Армии.
Обстановка в Чехословакии несколько стабилизировалась с середины 1969 года. Был реорганизован ЦК КПЧ, политически изолированы инициаторы "Пражской весны".
Что касается самой операции «Дунай», то она и теперь в военных академиях России изучается как пример четкой организации и проведения крупномасштабной операции в Восточной Европе по оказанию "братской помощи друзьям и союзникам".
В 1989 году КПСС и её последний лидер Горбачев официально признали, что вторжение в Чехословакию было неправомерным актом вмешательства во внутренние дела суверенной страны. Оно прервало демократическое обновление Чехословакии и, в конечном счете, имело долговременные отрицательные последствия. В 1991 году советские войска покинули территорию ЧССР. Вскоре вместо Чехословакии возникло два суверенных государства – Чехия и Словакия, которые пополнили НАТО.