1991 — Вильнюс, Литовская ССР. Вечером 11 января 65 офицеров группы «А» во главе с заместителем командира группы М. В. Головатовым и командиром отдела подполковником Е. Н. Чудесновым были направлены в столицу Литовской ССР. В Вильнюсе подразделение получило задачу взять под контроль Комитет по телевидению и радиовещанию, телевизионную вышку и радиопередающий центр. Здания были окружены многочисленными сторонниками литовского движения «Саюдис». Группа «А» взяла под контроль все три объекта и удерживала их до подхода подразделений внутренних войск. Во время захвата здания Комитета по телевидению и радиовещанию погиб лейтенант Виктор Викторович Шатских.
1991 — Москва, Васильевский спуск. Вооруженный ножом преступник захватил в экскурсионном автобусе «Икарус», выехавшем с Комсомольской площади (площадь трех вокзалов), 7-летнюю Машу Пономаренко. В переговорах принял участие депутат Госдумы Аман Тулеев. В результате молниеносно проведенной операции террорист был обезврежен.
1991 — Москва. По приказу председателя КГБ сотрудники группы «А» блокировали в подмосковном поселке Архангельское-2 дачу, в которой находились Президент России Б. Н. Ельцин и лица из его окружения. В дальнейшем, выполняя распоряжение руководства, они осуществляли рекогносцировку вокруг Белого дома. 20 августа перед командиром группы «А» Героем Советского Союза В. Ф. Карпухиным в устной форме была поставлена задача захватить Белый дом, интернировать правительство и руководство России. Для этого «Альфе» были приданы группа «Вымпел» и силы МВД. Без больших человеческих жертв среди гражданского населения взять Белый дом было невозможно. Это было главной причиной отказа офицеров группы «А» участвовать в штурме.
1992 — Москва, аэропорт «Внуково». Освобождение 347 пассажиров рейса Минеральные Воды — Москва, захваченных террористом-одиночкой Захарьевым.
1993 — Москва, Белый дом. Сотрудники группы «А» (старший — командир группы Герой Советского Союза Г. Н. Зайцев) вместе с бойцами «Вымпела» приняли участие в разрешении острейшего политического кризиса, приведшего к массовым акциям неповиновения и боевым действиям в центре российской столицы. Отказавшись штурмовать Белый дом, представители «Альфы» по собственной инициативе вступили в переговоры с руководством Верховного Совета и оппозиции, которые увенчались успехом, а затем обеспечили эвакуацию людей из горящего здания. Спасая раненого солдата у стен Белого дома, смертельное ранение получил младший лейтенант Геннадий Николаевич Сергеев — посмертно ему присвоено звание Героя России.
1993 — Ростов-на-Дону — Краснодар — Минеральные Воды — Махачкала. Четверо террористов захватили в заложники учительницу и 15 учеников 9-го класса «В» средней школы № 25 Ростова-на-Дону. В Ростов-на-Дону на самолете Ту-134 вылетели 53 сотрудника «Альфы» во главе с командиром Героем Советского Союза Г. Н. Зайцевым. К моменту их прибытия бандиты, выпустив трех заложников, уже находились в вертолете Ми-8. Вечером вертолет приземлился в Краснодаре. Следом за ними на Ан-12 приземлилась «Альфа». Ночью 24 декабря вертолет поднялся в воздух, взяв курс на Минеральные Воды. Следом за ним вылетел вертолет со спецназовцами, основная же часть «Альфы» направилась туда самолетом Ан-12. Вечером 25 декабря преступники освободили одного из заложников. После передачи денег они выпустили учительницу и семь школьниц. Оставшихся заложников — четырех школьников, водителя автобуса и двух пилотов — бандиты отпускать отказались. Вечером 27 декабря бандиты освободили трех школьников, водителя автобуса и поднялись в воздух, приказав пилотам взять курс на Ичкерию. Однако летчики, рискуя жизнью, направили машину в сторону Махачкалы. Вертолет с преступниками совершил посадку на северной окраине Махачкалы. Бандиты разбились на пары и попытались скрыться в лесополосе. Однако район их нахождения был оцеплен спецназом МВД Дагестана, который вскоре обезвредил всех преступников.