Кыргызстан в 2003 году оставался надежным и откровенным союзником в глобальной войне с терроризмом, принимая у себя коалиционные силы, задействованные в ОПС, и выступая с политическими, законодательными и правоохранительными инициативами по сдерживанию и пресечению терроризма. Президент Акаев стойко защищал американское присутствие в границах Кыргызстана. В 2001 году правительство Кыргызстана санкционировало строительство коалиционной базы по соседству с действующим аэропортом «Манас» неподалеку от столицы страны Бишкека в поддержку ОПС. В настоящее время на базе размещаются приблизительно 1100 военнослужащих коалиции. В 2003 году в их число входили солдаты из Соединенных Штатов, Дании, Испании, Италии, Нидерландов и Южной Кореи. База используется для боевой поддержки, транспорта, дозаправки, грузовых поставок и наземных операций в Афганистане.
Президент Акаев провозглашает, что антитеррористические мероприятия имеют чрезвычайно высокое приоритетное значение для Кыргызстана, и отметил, что терроризм — это угроза не только Кыргызстану, но и региональной и международной безопасности. В сентябре 2003 года у поселка Кант, приблизительно в 20 милях от Бишкека, была открыта российская авиабаза. База была построена под эгидой Организации Договора о коллективной безопасности (ОДКБ) и используется для обеспечения безопасности и антитеррористической деятельности членов ОДКБ — России, Армении, Беларуси, Таджикистана, Казахстана и Кыргызстана.
Кыргызстан является членом Шанхайской организации сотрудничества (ШОС) вместе с Китаем, Россией, Казахстаном, Таджикистаном и Узбекистаном. В 2003 году ШОС проголосовала за создание антитеррористического центра в Бишкеке. Хотя впоследствии месторасположение этого центра было перенесено в Ташкент (Узбекистан), Кыргызстан оказал материально-техническую поддержку для его создания.
В 2003 году Кыргызстан пострадал от одного террористического акта с человеческими жертвами. В мае боевики ИДУ взорвали обменный пункт в Оше, в результате чего погиб один человек.
В результате совершенного в марте нападения на автобус, находившийся в пути между Кыргызстаном и Китаем, погиб 21 человек, включая 19 китайских граждан. Этот инцидент еще расследуется и может быть связан с терроризмом или преступностью.
В феврале суды Кыргызстана приговорили Шерали Акботоева, взятого в плен киргизского члена ИДУ, к 25 годам тюремного заключения за нарушение шести статей уголовного кодекса Кыргызстана, в том числе за причастность к вооруженным нападениям на киргизских военнослужащих во время вторжений ИДУ в 1999 и 2000 годах. В ноябре Верховный суд Кыргызстана запретил четыре группы, включая Исламское движение Восточного Туркестана, что позволило государству законно изъять его имущество.
Силы безопасности Кыргызстана играли в 2003 году важную роль в борьбе с терроризмом, успешно пресекая террористические операции, направленные, по имеющимся сведениям, против интересов США. В мае спецслужбы задержали пять боевиков ИДУ, которые, как было позднее установлено, совершили в декабре 2002 года террористический взрыв на Оберонском рынке в Бишкеке, в результате которого погибли семь человек, а в мае 2003 года — взрыв обменного пункта в Оше. Власти Кыргызстана тесно сотрудничали с властями Узбекистана в пресечении деятельности этой ячейки и предоставили информацию, которая помогла Узбекистану захватить одного из членов ячейки в Андижане (Узбекистан). В ноябре киргизские власти объявили о задержании трех подозреваемых, которые планировали теракт против интересов США.
Вооруженные силы и внутренние войска Кыргызстана в 2003 году стремились повысить свой контртеррористический потенциал и расширить сотрудничество с региональными партнерами. В марте Министерство внутренних дел Кыргызстана провело в южной части страны контртеррористические учения, а в июле изъяло тайник с оружием в Баткенской области. Бишкек также принял меры по усилению защиты государственных границ от террористов, объявив в марте об увеличении числа пограничных контрольно-пропускных пунктов, а в сентябре — о том, что пограничные войска, работая совместно с пограничниками из соседнего Таджикистана, проведут совместную операцию по выявлению горных троп, используемых террористами. Кыргызстан участвует в 9 из 12 международных конвенций и протоколов, относящихся к терроризму.
Таджикистан
Правительство Таджикистана остается твердым сторонником Соединенных Штатов в глобальной войне с терроризмом. Таджикистан не поддерживает террористических групп или деятельности и разрешает использовать свою территорию и воздушное пространство для контртеррористических действий. В 2003 году Президент Эмомали Рахмонов еще раз подтвердил на Генеральной Ассамблее ООН, что Таджикистан твердо противодействует терроризму и террористической деятельности.