Карьеру одного из лидеров Третьего рейха он начал в 1925 году, когда стал членом Союза против подъема еврейства и вступил в военную организацию лейтенанта Росбаха — одну из групп фашистской партии. В 1926 году Борман был уже делегатом съезда нацистской партии. В 1926 году он получил должность заведующего отделом печати НСДАП в Тюрингии, а в 1927 году — вошел в состав штаба штурмового отряда в Мюнхене. Пять лет спустя, когда Гитлер устроил штурмовикам «кровавую баню», именно Борман вручил командиру личной охраны фюрера Зеппу Дитриху список руководителей СА, подлежащих уничтожению в первую очередь.
Женившись на дочери председателя Суда чести нацистской партии, Мартин Борман вскоре стал главным казначеем НСДАП. В 1933 году эта политическая сила победила на выборах в рейхстаг, и Гитлер, как новый канцлер Германии, назначил главу фонда партии руководителем аппарата Рудольфа Гесса. В 1934 году по рекомендации последнего Борман стал рейхсляйтером и депутатом рейхстага.
В 1939–1941 годах, еще занимая должность шефа по кадрам в аппарате Гесса, он принимал участие в убийстве по меньшей мере 100 тысяч «нежелательных лиц» — пациентов психиатрических лечебниц и заключенных концентрационных лагерей. В мае 1941 года, после того как наци № 2 отбыл в Англию, Борман стал заместителем фюрера по партии, то есть занял должность секретаря и главного советника Гитлера. Он пользовался практически полным доверием главного наци, чем активно злоупотреблял. «Этот маленький человек был большим интриганом и грязной свиньей», — свидетельствовал впоследствии на допросе в Нюрнберге Геринг. Не менее ревностно Мартин Борман относился и к борьбе за чистоту арийской расы. В периоде 1941 по 1945 годы, согласно заявлению официального обвинителя США по делу Гесса, он принимал участие в истреблении военнопленных евреев, русских, поляков и чехов — всех тех, кого фашисты считали «унтерменшен», или «недочеловеками». Исходя из выводов данного заявления, Мартин Борман в общей сложности «преднамеренно, по злому умыслу и жестоким и низменным мотивам убил по крайней мере 5 миллионов человек». Понятно, что с таким «багажом» за плечами ему следовало очень крепко подумать, как избежать трибунала.
С точки зрения самого Бормана, единственной возможностью обрести статус не военного преступника, а военнопленного было бы заключение перемирия. Как известно, большинство соратников Гитлера, в первую очередь Геринг и Гиммлер, вынашивали планы заключения сепаратного мира с западными союзниками — Англией и США. Но Борман и Геббельс пошли по другому пути: было принято решение вести переговоры с советским командованием. Так они и оставались возле Гитлера вплоть до его самоубийства 30 апреля 1945 года. Советские ученые Даниил Мельников и Людмила Черная даже считают, что «братья по оружию» ненавязчиво подталкивали фюрера к этому шагу. «Утро 30 апреля проходило так же, как всегда, — пишут они в исследовании «Преступник номер 1». — Обсуждали военное положение; в 14 часов Гитлер пообедал… Потом начались новое прощание, новые рукопожатия и невнятный лепет фюрера. Затем он и Ева Браун удалились в комнату Гитлера. На этот раз Борман и Геббельс остались дежурить под дверью в узком коридорчике, причем Борман уже заблаговременно подготовил канистры с бензином, чтобы сжечь труп фюрера». Так сказать, на всякий случай, чтобы нацистский вождь не передумал.
Гитлер перед смертью оставил политическое завещание, согласно которому власть в Третьем рейхе передавалась Борману, Геббельсу и Деницу. Буквально на следующий день Борман и Геббельс направили в расположение советских войск своего парламентера с предложением заключить перемирие. Однако Сталин отказался от переговоров. Это означало, что новые правители Германии в любом случае будут рассматриваться как военные преступники. Узнав об этом, Геббельс и все члены его семьи — жена и шестеро детей — приняли яд, а Мартин Борман подался в бега.
Однако время было упущено, и выбраться из обреченного Берлина, окруженного плотным кольцом советских войск, было весьма непросто. И все-таки Борман попытался добраться до земли Шлезвиг-Гольштейн, где немецкие силы под командованием гросс-адмирала Карла Деница все еще удерживали позиции. О последовавших затем событиях рассказали на Нюрнбергском процессе их участники — те, кто сделал ставку на побег, участвовал в прорыве и остался в живых.
Разрозненные свидетельства очевидцев крушения Третьего рейха подтверждают, что 30 апреля 1945 года, сразу после сожжения трупов Гитлера и Евы Браун, Борман направил телеграмму адмиралу Карлу Деницу, в которой уведомлял о своем скором прибытии в его расположение.