Между тем Филипп Швабский старался убедить князей, что подобные притязания угрожают их свободе. В письме, с которым архиепископы, князья и сеньоры обратились к Иннокентию III, они спрашивали его, «где он читал, чтобы его предшественники или их легаты когда-либо вмешивались в избрание императора». Они напоминали ему, что «в силу старинной привилегии императорского престола», от которой императоры отказались только «из простодушия», им принадлежит власть утверждать папские выборы. Таким образом, в этой новой стадии борьбы между папством и империей предметом спора является вопрос о самом происхождении той и другой власти. В течение нескольких лет папа тщетно напрягал свои силы, чтобы доставить торжество своему приверженцу. В 1206 г. Оттон, потерпев поражение под Кельном, потерял этот город, державший его сторону. Анархия достигла крайней степени, и вину за это сваливали на папу, на церковь. Иннокентий III принужден был уступить. В 1207 г. он вошел в соглашение с Филиппом Швабским; таким образом, брат Фридриха Барбароссы вос торжествовал над папством, которое было принуждено признать его. Но в это самое время он был убит в Бамберге пфальцграфом Оттоном Виггельсбахским, которому он от казал в руке своей дочери (июнь 1208 г.)
Если эта смерть была торжеством для, Иннокентия III, то он был обязан им случаю. Чтобы привлечь на свою сторону приверженцев Гогенштауфенов, Оттон женился на дочери Филиппа Швабского, Беатрисе; с другой стороны, чтобы удовлетворить Иннокентия III, он принял титул им ператора «милостью Божьей и даны». В октябре 1209 г. он был коронован в Риме. Чувствуя себя теперь достаточно сильным, он не замедлил нарушить все свои обещания и клятвы. Он овладел землями маркграфини Матильды и на пал на владения сицилийской короны в Южной Италии. Иннокентий III, обманутый тем, кого он поддерживал, писал: «Многие поносят меня теперь; они говорят, что я зас лужил то, что терплю, что я собственными руками выковал меч, который теперь так жестоко ранит меня. Пусть ответит им за меня Всевышний, который знает чистоту моей души и который некогда сказал о самом себе: «Я раскаиваюсь, что создал человека»». Лишенный своих светских владений, он обратился наконец к Филиппу Августу и заключил с ним союз. «Не без стыда, — писал он французскому королю, — сообщаю я вам о моих опасениях, ибо вы не раз предостерегали меня». В ноябре 1210 г. он отлучил императора от церкви и разрешил его подданных от клятвы верности. С той же энергией, с которой он несколько лет назад защищал Оттона, он старался теперь составить коалицию против него. На этот раз его старания увенчались большим успехом. В Германии, где Оттон силился восстановить порядок, он своим высокомерием и предпочтением, которое оказывал саксонцам и англичанам, нажил себе много врагов. Между тем, Иннокентий III держал для него в запасе опасного соперника. Констанция, вдова Генриха VI и наследница Сицилийского королевства, согласилась принять папскую инвеституру. Перед смертью (ноябрь 1198 г.) она по ручила Иннокентию III опеку над своим сыном, малолетним Фридрихом, Иннокентий III добросовестно защищал своего питомца: он боролся с Марквальдом Анвейлером, который, пробравшись на юг, пытался провозгласить себя королем: позднее он энергично протестовал против попытки Оттона отнять у Фридриха его владения. Но забега о независимости государства св. Петра заставляла его избегать сосредоточения Германии и Сицилийского королевства в одних и тех же руках. Тем не менее, когда противники Оттона решили противопоставить ему нового короля, их взоры, естественно, обратились на молодого Фридриха, кото рому тогда было семнадцать лет. В сентябре 1211 г. король Богемский, герцоги Австрийский и Баварский, ландграф Тюрингский и другие княэья, собравшись в Нюренберге, избрали Фридриха императором. Их посол Ансельм Юстнигенский отправился в Рим. Иннокентий III утвердил выбор; его раздражение против (Оттона заставило его забыть о не посредственном интересе св. престола. Однако колебания в его политике вызывали порицания. «Это он, — говорили не довольные, — возбудил все эти раздоры, с чрезмерным жаром то поддерживая, то преследуя Оттона». В марте 1212 г. Фридрих прибыл в Рим; он присягнул на верность Инно кентию III за Сицилийское королевство. Вслед за тем он во главе небольшого отряда, счастливо избежав опасностей, перешел через Альпы и смело вступил в Германию. В то время, как Оттон, теряя одного за другим своих привержен цев, принужден был удалиться в Кельн, Фридрих в Вокулере заключил с Филиппом Августом союз против своего соперника и против английского короля Иоанна Безземельного. Затем, 9 декабря 1212 г. он короновался в Майнце королем римлян. Разбитый при Бувине Филиппом Августом (июль 1214 г.). Оттон потерял и последних своих приверженцев. Он умер в мае 1218 г.