Проблемным местом английской королевской власти был парламент. Елизавета не могла ни собирать налоги, ни принимать указы, не посоветовавшись с парламентом. В отличие от Кастилии и Франции на протяжении XVI в. английский парламент только усиливал свою власть. Генрих VIII, Эдуард VI, Мария и Елизавета — все работали над реформированием церкви через парламент. Намного больше приказов вышло из парламента во время правления Тюдоров в Средние века. Налоги правительства были необходимы короне, но Елизавете (в противовес Филиппу II Кастильскому) было сложно получить налоговые сборы с парламента даже в критических случаях. В начале XVI в. палата общин была более сговорчивой, нежели палата лордов, обитель аристократии, но при Елизавете палата общин стала самой агрессивной и независимой из двух палат. В палату общин стали проникать активные и амбициозные эсквайры. Выборы при Елизавете были мало похожи на современные — не было партий и предвыборных платформ. Большая часть выбранных не проходила по конкурсу. Только богатые кандидаты из высших слоев общества были почтительно избираемы парой сотен голосов. Но если электорат был зависимым, то парламент нет. Елизавета была вынуждена искать общий язык с самоуверенными джентри для решения всех основных вопросов, касающихся своей политики. Королева созывала парламент так редко, как только было можно: сессии продолжительностью в несколько месяцев проводились каждые три-четыре года. Ее министры тщательно следили за всеми изменениями, но не могли предотвратить агрессивные разговоры в палате общин, принуждающие королеву выйти замуж или сокрушить папство. Даже учитывая, что законы создавал парламент, члены палаты общин обсуждали и отменяли законы на своих собраниях и вводили новые. Королева стала знатоком в обращении с парламентом, сохраняя свои привилегии.
В парламенте был и пуританский блок. Пуританство было разновидностью кальвинизма. Пуритане стремились очистить английскую церковь от папских церемоний и ритуалов, отменить елизаветинское епископальное правительство и установить женевскую дисциплину. Они были менее агрессивно настроены по отношению к парламенту, чем их единомышленники во Франции и Нидерландах. Во многом из-за того, что не принимали королевский протестантизм, они становились членами англиканской церкви, чтобы реформировать ее изнутри. Поэтому выделить пуритан было проще, чем гугенотов или голландских кальвинистов. К слову, многие члены англиканского духовенства, включая нескольких священников, были пуританами. Движение было привлекательным для образованных людей, и огромное число англичан вскоре стали пуританами. Кембриджский университет стал оплотом пуританизма. Елизавете критика пуритан ее церкви пришлась не по душе. Она ввела специальные наказания, чтобы прекратить полемику пуритан и сдержать движение. Но даже Елизавета не смогла остановить распространение пуританских памфлетов против священных книг, священников и заповедей и развития полемики, которая после смерти Елизаветы привела к пуританской революции в 1640 г.