Вскоре большие изменения в положение равновесия внесли не радикально настроенные люди, а консерваторы. Католики активно ратовали за королеву Марию Стюарт, известную как Мария Шотландская, которая сочетала в себе все то, чего недоставало Елизавете. Она была красива, очаровательна и предполагала, что хаоса, в который погружается Англия, можно избежать, если она займет трон своей кузины. На самом деле в XVI в. Шотландия не была благополучной страной. Огромные живописные территории были совершенно неплодородны и никак не пригодны для развития экономики. Несколько малых городков постоянно подвергались разграблению мародеров. Шотландская знать была дикой, титулы наследовались, семьи постоянно враждовали между собой. Половина населения была католической, другая — кальвинистской. Их предводителем был священник Джон Нокс, чья «реформа церкви» следовала образцам женевской пресвитерианской системы. Генеральная ассамблея по реформированию церкви была более могущественным объединением, чем шотландский парламент, поскольку обладала независимостью от королевской власти. Мария Стюарт была королевой Шотландии с младенчества, но свое детство она провела при дворе Валуа во Франции, ее мать управляла Шотландией как регент до своей смерти в 1560 г. Одним туманным утром 1561 г. девятнадцатилетняя королева вернулась из Франции во дворец Холируд, где ее приветствовали фальшиво исполняемым пением псалмов. К этому времени королева уже была вдовой; ее первый муж — молодой король Франции Франциск II — умер в предыдущем году. Мария старалась организовать свой двор так пышно и радостно, как это только было возможно в Эдинбурге, завоевав любовь и уважение многих представителей протестантской аристократии. Однако ее чары не подействовали на Джона Нокса. В источниках говорится, что она обратилась к Ноксу со следующими словами: «Я буду защищать римскую церковь, ибо она и есть истинная церковь Бога». — «Ваше желание, мадам, — последовал ответ, — совершенно беспочвенно: ваши мысли не превратят римских распутных дев в невест Иисуса».
Мария не хотела оставаться в Шотландии надолго. Она немедленно известила Елизавету, чтобы та признала ее право на наследование английского трона, а когда та отказалась, вышла замуж за своего кузена Генриха Стюарта, лорда Дарнли, кто являлся следующим основным претендентом на корону Англии. Но вскоре Мария потеряла интерес к простоватому и глуповатому Дарнли и в качестве своего фаворита выбрала придворного музыканта Давида Риччо. В начале 1566 г. оскорбленный Дарнли, собрав вокруг себя заговорщиков, застал королеву с Риччо вместе во время ужина во дворце, когда тот запустил руки под юбку Марии, и убил его. Месть Марии не заставила себя ждать. Когда Дарнли подхватил оспу, она отослала его в одиноко стоящий домишко за пределами Эдинбурга. Однажды ночью Дарнли задушили неизвестные, а дом взорвали порохом. Найти убийцу так и не удалось, однако многие шотландцы думали, что это сделал эрл Ботвелл, последний любовник Марии.
Эти догадки подтвердило и замужество Марии и Ботвелла спустя три месяца после смерти Дарнли. Казалось, что разговоры о виновности или невиновности Марии были нескончаемы. Одно было очевидно — выйдя замуж за Ботвелла, Мария потеряла контроль над Шотландией. Знать восстала против королевы и потребовала ее отречения. В 1568 г. Мария сбегает в Англию, где Елизавета отправляет ее в заточение.
Мария была по-прежнему молода и обворожительна. В 1569 г. группа лордов подняла восстание в Северной Англии в защиту Марии. 1570—1580-е гг. были отмечены серией заговоров католиков, желавших убийства Елизаветы и воцарения Марии, — все они были раскрыты шпионами Елизаветы. Когда папа отлучил Елизавету от церкви, миссионеры-иезуиты, в том числе Эдмунд Кампион и Роберт Парсонс, утвердились в своих идеях. Королева и ее министры были близки к краху: за время правления Елизаветы было казнено около двух сотен священников-католиков. В 1586 г. шпионы раскрыли еще один заговор сообщников Марии. Это стало финальной точкой — у Марии уже не осталось сил бороться, и она признала свою вину. С огромным нежеланием и отвращением, частично правдивым, а частично наигранным, Елизавета подписала ее смертный приговор. В 1587 г. топор палача принес Марии освобождение от девятнадцатилетнего заточения. Католики объявили ее мученицей и обвинили протестантов в убийстве.