Гражданская война 1642–1646 гг. была очень сдержанной. Даже на пике своего развития не более чем один из десяти англичан, способных служить, находился в армии (сравним с одним на четырех во время Гражданской войны в Америке), и военная кампания нанесла населению весьма незначительный урон. Парламентские солдаты были названы круглоголовыми из-за пуританской обязанности коротко стричься; роялисты, или «кавалеры», выглядели очень романтично по сравнению с ними. Не было сомнений, что круглоголовые победят. В их руках был Лондон и богатая юго-восточная часть страны. Парламент скопил большую сумму денег через налоги на имущество — по иронии намного более тяжелые налоги, чем когда-либо вводил Карл I. Кавалеры распоряжались на своей слабо заселенной северо-западной части страны, они постоянно нуждались в деньгах, людях и военной технике. Королевские войска напоминали банды разбойников, возглавляемых наемниками во времена Тридцатилетней войны. Принц Руперт, наиболее известный предводитель кавалеров, смог великолепно начать сражение, однако его недисциплинированные наездники часто исчезали в поисках трофеев, оставшихся от врагов, а в это время круглоголовые успевали перегруппироваться и победить. Пожалуй, самым мощным источником их энергии был их моральный дух. Памфлеты, выходящие просто в огромном количестве, достигающем полутора тысяч в год в 1640 г., выражали их жаркие чаяния о политическом, религиозном и социальном возрождении Англии. «Ареопагитика» Джона Мильтона (1644), наиболее известный из этих памфлетов, окутывает круглоголовых романтичным ореолом войны. «Мне кажется, — писал пуританский поэт, — будто перед моим умственным взором встает славный и могучий народ, подобный пробудившемуся сильному мужу, стряхивающий с себя тяжкие оковы. Мне кажется, я вижу его подобным орлу, вновь одетому оперением могучей молодости, воспламеняющему свои зоркие глаза от полуденного солнца». Но парламентские лидеры думали иначе. Два года войска Карла I удерживали преимущество в основном потому, что круглоголовые на самом деле не хотели воевать и свергать короля. Ситуация начала меняться в 1643 г., когда Пим добился военного союза между парламентом и пресвитерианской Шотландией. В следующем году объединенная парламентско-шотландская армия нанесла удар принцу Руперту в сражении при Марстон-Муре — самой известной битве этой войны. Но еще более значимым стало появление выдающегося пуританского солдата Оливера Кромвеля (1599–1658).
Ничто из предвоенной карьеры Кромвеля не предвещало его исключительной роли в пуританской революции. Когда собрался Долгий парламент, он был обычным средневековым эсквайром, одним из многих членов палаты общин. Мало кто из тех глуповатых, грубых людей заметил его, когда он пылко и страстно высказывался против англиканских священников. Как только началась война, Кромвель вступил в парламентскую армию и отдал 500 фунтов (его годовой доход) на помощь в покрытии военных затрат. Какие-то внутренние силы — Кромвель считал, что это была милость Бога, — давали ему решимость справляться с любыми препятствиями, которые он встречал на своем пути с самой первой битвы в 1642 г. до его смерти в 1658 г. В 1643 г. он был призван в кавалерию «честных, благочестивых людей», которые придерживались строгой дисциплины и распевали псалмы, преследуя кавалеров. Полк Кромвеля, которого вскоре окрестили Железнобоким, выигрывал каждое сражение. Кромвель и его солдаты были способны разгромить кавалеров принца Руперта в Марстон-Муре в 1644 г. «Бог сделал их слишком слабыми против наших мечей», — писал потом Кромвель про эту битву.
По его наущению парламент реорганизовал армию круглоголовых, выведя оттуда генералов, не желающих воевать против короля. Эта «новая модель» парламентской армии (вторым капитаном которой был Кромвель) разгромила войска Карла I при Нейзби в 1645 г. Король был заточен в тюрьму в 1647 г. и оставался там под охраной в течение двух лет. Казалось, пуритане одержали победу.