Намного легче оказалось завершить войну, чем достичь мирного соглашения. Пуритане собрались вместе только благодаря их враждебности по отношению к епископам и монархии, и к 1646 г. они необратимо разделились на три части. Более консервативными были пресвитериане, которые хотели трансформировать английскую церковь в кальвинистскую по шотландской модели и верили, что король должен находиться под контролем парламента, но не стремились к дальнейшим социальным или политическим преобразованиям. Пресвитериане были менее сильны в Англии, чем в Шотландии, но имели численное преимущество в парламенте и представляли собой лондонское меркантилистское общество. В центре находились независимые, которые стремились к более серьезным изменениям. Они отказывались от любого вида национальной церкви, будь то англиканская или пресвитерианская, и проповедовали терпимость по отношению к множеству автономных пуританских церквей. По их мнению, парламент, так же как и монархия, нуждается в изменениях. У независимых были свои представители в парламенте, но их опорной точкой служил офицерский корпус в новой армии. Оливер Кромвель был независимым. Более радикальными, чем независимые, были многочисленные пуританские секты, большинства из которых не существовало до 1640 г. Их члены призывали к полному восстановлению английского общества. Некоторые мыслили апокалиптично, считая, что второе пришествие Христа неизбежно. Остальные были более земными, например левеллеры, которые имели проект конституции, включающий всеобщее выборное право и прочие гарантии суверенности, — эти демократические принципы так и не были реализованы на территории Англии, равно как и в других странах, вплоть до XIX в. Более радикальными, чем левеллеры, были диггеры, или аграрные коммунисты, которые верили, что Бог запрещает иметь частную собственность. Фактически эти радикальные секты обращались скорее к бедным, чем к богатым; они обеспечивали поддержку новой армии. Поэтому в вихре английской революции пресвитериане, независимые и радикальные сектанты развили кальвинистские принципы в полный спектр социальных настроений, от репрессивного консерватизма до радикализма, от автократии до анархии.
Между 1647 и 1648 гг., стараясь достичь мира с Карлом I, пресвитериане, независимые и радикальные секты сталкивались между собой за право контролировать революцию. Пресвитериане в парламенте совершили ошибку, попытавшись разогнать новую армию, не заплатив солдатам. Под предводительством Кромвеля армия отказалась от роспуска. Кромвелю с трудом удалось удержать радикалов под контролем своей армии. Сохранились короткие записи, показывающие споры между представителями армии с независимыми и левеллерами в 1647 г. «Бедняки живут в Англии, просто чтобы существовать! — кричали левеллеры. — Я не нахожу того в Законе Божьем, что лорд должен выбрать 20 бюргеров [представителей в парламент] и джентльменов, но бедняки не могут выбрать никого!» Независимые считали, что «самый малозначимый человек в Англии должен иметь право выбирать членов правительства, которое им управляет, — но только если у него есть к этому интерес» — это возможность дать человеку ощущение принадлежности к своей стране. Солдаты Кромвеля по-прежнему сохраняли образ объединенной силы. В 1648 г. Кромвель сокрушил кавалеров, действующих от имени короля. Его армия вошла в Лондон и смела, военную группу, расположившуюся напротив парламента, который Карлу I не удалось заставить разойтись в 1642 г. Несколько генералов расставили войска вокруг здания парламента, и только тем членам, которые дружелюбно отнеслись к правительству, — это были около 60 независимых — разрешили войти. «Гордая чистка» ознаменовала пресвитерианское преимущество в парламенте и сократила Национальное собрание 1640 г. до малочисленной сессии.
Теперь Кромвель мог заняться королем. Убежденный, что Карл I был единственной преградой на пути к миру, Кромвель решил, что тот должен быть убит настолько зрелищно, насколько это было возможно. Высший суд приговорил Карла к смерти как тирана, убийцу и врага английского народа. 30 января 1649 г. он был казнен в Уайтхолле. «Я мученик!» — крикнул Карл протестующей толпе перед тем, как палач прервал его жизнь одним резким ударом топора.
Казнь короля не вызвала жаркого одобрения, но у Кромвеля не было выбора. Бесполезно было вести переговоры с человеком, который отказывался принять пуританскую страну в любой ее форме. И было бы небезопасно держать Карла в тюрьме и высылать из страны. По иронии Кромвель упорнее, чем его советники и даже чем Карл, старался найти подходящую форму для государства. Но его методы были более радикальными, более тираническими, чем у Карла. Роялисты, пресвитериане и радикалы — все ненавидели курс Кромвеля на военное правительство. Хотя независимые были взяты под контроль в 1649 г., их либеральным идеям не суждено было осуществиться.