Как только Сирия и Персия были надежно удержаны, из Аравии на север и восток пошла волна миграции, сравнимая с переселением германских племен в завоеванные провинции Рима. Женщины присоединились к этому движению, но не в количестве, достаточном для арабского рвения; мужчины-завоеватели пополняли свои гаремы христианскими и иудейскими наложницами и считали детей от таких союзов законными. В результате такой деятельности и подсчета «арабов» в Сирии и Персии к 644 году было полмиллиона. Омар запретил завоевателям покупать или обрабатывать землю; он надеялся, что за пределами Аравии они останутся военной кастой, получающей достаточное содержание от государства, но энергично сохраняющей свои воинские качества. Его запреты были проигнорированы после его смерти и почти сведены на нет его щедростью при жизни; он разделил победные трофеи на восемьдесят процентов армии и двадцать процентов нации. Меньшинство мужчин, обладая большинством мозгов, вскоре собрали большинство товаров в этом быстро растущем арабском богатстве. Курайшские вельможи построили богатые дворцы в Мекке и Медине; у Зобеира были дворцы в нескольких городах, 1000 лошадей и 10 000 рабов; у Абд-эр-Рахмана — 1000 верблюдов, 10 000 овец, 400 000 динаров (1 912 000 долларов). Омар с горечью наблюдал за тем, как его народ погрязает в роскоши.
Персидский раб сразил его, когда Омар возглавлял молитву в мечети (644 г.). Не сумев убедить Абд-эр-Рахмана стать его преемником, умирающий халиф назначил шестерых человек, чтобы те выбрали ему преемника. Они выбрали самого слабого из них, возможно, в надежде, что он будет управлять им. Осман ибн Аффан был пожилым человеком с добрыми намерениями; он перестроил и украсил мечеть в Медине и поддерживал генералов, которые теперь распространяли мусульманское оружие на Герат и Кабул, Балх и Тифлис, а также через Малую Азию до Черного моря. Но его несчастье заключалось в том, что он был верным членом аристократического клана Омейядов, который в ранние времена был одним из самых гордых врагов Мухаммеда. Омейяды стекались в Медину, чтобы насладиться плодами своего родства со старым халифом. Он не мог отказать им в настойчивости, и вскоре десятки прибыльных должностей грели руки людей, презиравших пуританство и простоту благочестивых мусульман. Ислам, расслабленный победой, разделился на ожесточенные фракции: «беженцы» из Мекки против «помощников» из Медины; правящие города Мекка и Медина против быстро растущих мусульманских городов Дамаск, Куфа и Басра; аристократия курайшитов против демократии бедуинов; клан хашимитов пророка во главе с Али против клана Омейядов во главе с Муавией — сыном главного врага Мухаммеда Абу Суфьяна, но теперь правителем Сирии. В 654 году один новообращенный еврей начал проповедовать в Басре революционную доктрину: что Мухаммед вернется к жизни, что Али — его единственный законный преемник, что Осман — узурпатор, а его ставленники — безбожные тираны. Изгнанный из Басры, мятежник отправился в Куфу; изгнанный из Куфы, он бежал в Египет, где его проповедь нашла горячих слушателей. Пятьсот египетских мусульман отправились в Медину в качестве паломников и потребовали от Османа отставки. Отказавшись, они заблокировали его во дворце. Наконец они ворвались в его комнату и убили его, когда он сидел и читал Коран (656 г.).
Лидеры Омейядов бежали из Медины, и фракция хашимитов наконец возвела Али в халифат. В молодости он был образцом скромной набожности и энергичной преданности; теперь ему было пятьдесят пять, он был лысым и крепким, добродушным и милосердным, задумчивым и сдержанным; он сторонился драмы, в которой религия была вытеснена политикой, а преданность — интригами. Его попросили наказать убийц Османа, но он медлил, пока они не сбежали. Он потребовал отставки ставленников Османа; большинство из них отказались; вместо отставки Муавия выставил в Дамаске окровавленные одежды Османа и пальцы, которые жена Османа потеряла, пытаясь защитить его. Клан Курайш, в котором доминировали Омейяды, объединился с Муавией; Зобеир и Талха, «сподвижники» Пророка, восстали против Али и предъявили сопернические претензии на халифат. Аиша, гордая вдова Мухаммеда, уехала из Медины в Мекку и присоединилась к восстанию. Когда мусульмане Басры выступили на стороне мятежников, Али обратился к ветеранам в Куфе и пообещал сделать Куфу своей столицей, если они придут ему на помощь. Они пришли; две армии встретились в Хорайбе на юге Ирака в битве на верблюдах, названной так потому, что Айша командовала войсками со своего верблюжьего сиденья. Зобеир и Талха были разбиты и убиты, Аишу со всеми любезностями проводили до ее дома в Медине, а Али перенес свое правительство в Куфу, недалеко от древнего Вавилона.