Городской индустриализм Фландрии, похоже, способствовал развитию неверия. В начале тринадцатого века мы видим Давида из Динанта, а ближе к его концу Сигера из Брабанта, возглавляющих сильно скептическое движение. Давид (ок. 1200 г.) преподавал философию в Париже и развлекал Иннокентия III своими тонкими диспутами.26 Он выступал с материалистическим пантеизмом, в котором Бог, разум и чистая материя (материя до получения формы) становились единым целым в новой троице.27 Его книга Quaternuli, ныне утраченная, была осуждена и сожжена Парижским собором в 1210 году. Тот же синод осудил пантеизм другого парижского профессора, Амальрика из Бена, который утверждал, что Бог и творение едины. Амальрик был вынужден отказаться от своих слов и умер, как нам говорят, от уморения (1207 г.).28 Совет эксгумировал его кости и сжег их на парижской площади в качестве намека его многочисленным последователям. Однако они продолжали упорствовать и расширили его взгляды до отрицания рая и ада и силы таинств. Десять из этих амальрикийцев были сожжены на костре (1210).29
Свободомыслие процветало в южной Италии Фридриха II, где вырос святой Фома. Кардинал Убальдини, друг Фридриха, открыто исповедовал материализм.30 В Северной Италии промышленные рабочие, представители деловых кругов, юристы и профессора в той или иной степени проявляли скептицизм. Болонский факультет был печально известен своим безразличием к религии; медицинские школы там и в других местах были центрами сомнений, и возникла пословица: ubi tres medici, duo athei- «где есть три врача, двое из них атеисты».31 Около 1240 года аверроизм стал почти модой среди образованных мирян Италии.32 Тысячи людей приняли аверроистские доктрины о том, что естественный закон управляет миром без какого-либо вмешательства Бога; что мир со-вечен Богу; что существует только одна бессмертная душа, «активный интеллект» космоса, для которого индивидуальная душа является преходящей фазой или формой; и что рай и ад — это сказки, придуманные для того, чтобы уговорить или запугать население, чтобы оно стало благопристойным.33 Чтобы успокоить инквизицию, некоторые аверроисты выдвинули доктрину двойной истины: утверждалось, что какое-либо положение может казаться истинным в философии или согласно естественному разуму, но быть ложным согласно Писанию и христианской вере; в то же время они исповедовали веру в то, в чем сомневались согласно разуму. Такая теория отрицала основное предположение схоластики — возможность примирения разума и веры.
К концу XIII, а также в течение XIV и XV веков Падуанский университет был неспокойным центром аверроизма. Петр из Абано (ок. 1250–1316), профессор медицины в Париже, а затем философии в Падуе, написал в 1303 году книгу Conciliator controversiarum, призванную согласовать медицинскую и философскую теории. Он вошел в историю науки благодаря учению о том, что мозг является источником нервов, а сердце — сосудов, а также благодаря тому, что год с удивительной точностью измеряется как 365 дней, шесть часов и четыре минуты.34 Будучи убежденным аскриптором, он свел почти все причинно-следственные связи к силе и движению звезд и практически устранил Бога от управления миром.35 Инквизиторы обвинили его в ереси, но маркиз Аццо д'Эсте и папа Гонорий IV были среди его пациентов и защищали его. В 1315 году его снова обвинили, и на этот раз он избежал суда, умерев естественной смертью. Инквизиторы приговорили его труп к сожжению на костре, но его друзья так хорошо скрыли его останки, что приговор пришлось исполнять через чучело.36
Когда Фома Аквинский отправился из Италии в Париж, он обнаружил, что аверроизм уже давно захватил часть факультета. В 1240 году Вильгельм Овернский отметил, что «многие люди» в университете «проглатывают эти [аверроистские] заключения без исследования»; а в 1252 году Фома обнаружил, что аверроизм процветает среди университетской молодежи.37 Возможно, встревоженный докладом Фомы, папа Александр IV (1256 г.) поручил Альберту Магнусу написать трактат «О единстве интеллекта против Аверроэса». Когда Фома преподавал в Париже (1252-61, 1269-72), аверроистское движение было в самом разгаре; его лидер во Франции, Сигер Брабантский, преподавал в университете с 1266 по 1276 год. На протяжении целого поколения аверроизм и католицизм делали Париж полем своей битвы.