Когда Великий крестовый поход начался в полной мере, и первые из огромных экспедиционных флотов по-настоящему отправились нести галактике единство, ХХ Легион на много десятилетий исчезает из официальной истории. Впрочем, некоторые источники утверждают о связи между ним и определенными туманными происшествиями в ходе Великого крестового похода, которые так и не были удовлетворительно объяснены в официальных записях — даже таких, которые известны только наивысшим кругам Империума, исключая лишь знания самого Трона Терры. Некоторые предполагают, что в то время ХХ-й, еще не имея своего примарха, играл тайную роль в обеспечении будущего для Империума. С самых первых дней Великого крестового похода и великого замысла Императора об объединенном человечестве, свободном от терзающих оков кошмарного космоса, было очевидно, что помимо множества внешних врагов остается угроза врага внутреннего, что подтверждалось раз за разом. Подтверждение этой гипотезы можно видеть как в том загадочном нападении, вследствие которого примархи оказались разбросаны среди звезд, так и в обстоятельстве, что нарождающийся Империум поражали террористические атаки, мелкие восстания и отчаянные заговоры отступников с безумцами. Некоторые из таких врагов скрылись во тьме неизвестности после горьких поражений и сокрушительных завоеваний в ходе кровавых войн Объединения, однако продолжали замышлять месть. Другие же, совращенные жаждой власти или испорченные встречей с ужасами извне, стремились извратить имперскую мечту во имя собственных целей.
Самым явным знаком того, что подобные тайные враги в силах нанести удар в самом сердце Империума, был так называемый «несчастный случай», который привел к кризису с геносеменем, чуть не погубившему III Легион — событие, которое многие с тех пор связывали с действиями скрытого внутреннего врага. Вскоре после этого мрачного происшествия, на четвертое десятилетие Великого крестового похода, на свет вышли разрозненные и недостоверные сообщения об аномальной активности Легионес Астартес.
Эта активность всегда представляла собой операции тактического масштаба, проводимые вдали от фронтов Великого крестового похода малыми обособленными подразделениями, размер которых колебался от отделения до роты. Судя по силе, способностям и вооружению, осуществлявшие их воины, без сомнения, принадлежали к Легионес Астартес, однако их личность оставалась тайной. У этих загадочных легионеров было мало — или совсем не было — эмблем подразделения или символики, а в ряде случае они носили неопознанные эмблемы, отсутствовавшие в официальных записях. Также в ряде странных случаев они действовали под «ложным флагом» — в облачении известного Легиона, зачастую посреди зоны боевых действий этого изображаемого Легиона, однако вне его ведома, санкции или руководства. Все эти действия носили скрытный характер: точечные удары, ликвидации, шпионаж, саботаж, изъятие неизвестных артефактов, похищение важных персон или целых групп для неких неизвестных целей. Подобные удары, проводившиеся как на передовой, так и на согласных мирах Империума, были смертоносно точны, и редко оставались живые свидетели, способные прямо о них рассказать.
Хищническая деятельность структуры, которая в определенных кругах стала известна как «Легион Призраков», была редкой — по крайней мере, на свет выплывало мало инцидентов — и протесты местных командующих или планетарных губернаторов отклонялись, или же попросту игнорировались. Некоторые в Высоком Имперском Командовании предполагали, что это действует ХХ Легион, однако по мере того, как набрали силу и развились прочие специализированные структуры Империума, такие как Легио Кустодес, Сороритас Инконцессус и Оффицио Ассассинорум, сообщения о неизвестных силах пошли на убыль и начали уходить в легенды, хотя так и не пропали до конца. Если подобный «Легион Призраков» и впрямь существовал как единая сущность, то он воплощает собой пугающую картину сил Легионес Астартес, чья специализация — действовать резко отлично от своих собратьев и делать это тайно. Если этими силами действительно был ХХ Легион, то он мог работать в тени Империума более столетия, строя сеть влияния и опыта, чуждого любому другому Легиону Космического Десанта, и ведя секретную войну, которая одновременно была частью Великого крестового похода и шла параллельно ему.