Со временем при дворе Терры и среди многих имперских командующих стали обычным делом обвинения, что теперь похоже, будто Альфа-легион пристрастился повергать посредством анархии, огня и крови те цивилизации, которые бы легко пришли к Согласию при помощи переговоров или ограниченной демонстрации силы вместо того, чтобы превращаться в раздираемые раздором руины в качестве испытания мастерства Альфа-легиона. Хуже того, утверждали, что потребность организовывать тщательное уничтожение врагов была не просто показной, а являлась патологическим изъяном, который только усугублялся по мере продвижения Великого крестового похода. Что показательно, Воитель отвергал подобные обвинения.
По мере приближения Ереси Хоруса Альфа-легион, словно в ответ на сгущающиеся тучи подозрения и недоверия в определенных кругах, углубился дальше во внешнюю тьму на границах известного пространства, или, по крайней мере, создал такую видимость. Их ложь множилась, как, похоже, и те имена, под которыми был известен Легион и его агенты — особенно среди мрачных звезд вне пределов Империума, где многие из встретившихся с ними понятия не имели о подлинной сущности и принадлежности своего губителя, пока не становилось слишком поздно.
Когда разразилась Ересь Хоруса и произошла расправа на Истваане III, крупная ударная группировка Альфа-легиона, насчитывавшая около 50000 легионеров под непосредственным командованием примарха, оказалась удачно расположена, чтобы откликнуться на распоряжения Рогала Дорна атаковать предателей на Истваане V. Считается, что этот контингент Альфа-легиона состоял из объединенных сил двух экспедиционных флотов и их кораблей поддержки, недавно вернувшихся в Империум для пополнения припасов и перевооружения в мире-кузнице Люциус после продолжительной серии кампаний на северо-восточном краю Галактики. Предположительно, Альфа-легион и их примарх несколько лет практически не контактировали с остальным Великим крестовым походом, и это обстоятельство, скорее всего, уверило Рогала Дорна, Преторианца Терры, в их лояльности и неучастии в том предательском безумии, которое поразило Хоруса и его непосредственное окружение. Как показало их участие в Бойне в месте высадки, не могло быть более ошибочного мнения. Были даже недоказанные заявления, будто Альфарий приложил руку к самому планированию Бойни в месте высадки.
Точно ясно, что перед началом враждебных действий Альфа-легион широко раскинул по Империуму свою сеть лазутчиков, шпионов и саботажников, что вскоре подтвердилось кровавым итогом для множества миров как частью начального гамбита Воителя.
Благодаря таланту Альфа-легиона и их агентов к конспирации погибли миллиарды, а еще бесчисленные миллиарды впоследствии претерпели невзгоды и катастрофы. Даже на тех планетах, которые за всю войну так и не ощутили громовую поступь Легионес Астартес, жестокие замыслы Альфа-легиона и их талант сеять раздор учинили невыразимые разрушения. Впрочем, хотя Хорус и дал Альфа-легиону глубоко вонзить клыки в тело Империума, он никогда не верил, что освобожденная гидра и ее повелитель повинуются ему и ведут ту войну, которой он от них хотел. История показала, что подобное недоверие было вполне оправдано.
Среди всех тайн, которыми окружен Альфа-легион, самой основополагающей и ключевой является вопрос об их примархе, Альфарии. Из всех примархов, оставшихся лить кровь друг друга во время Ереси Хоруса, об Альфарии больше всего неопределенности. Есть широко распространенное мнение, что в разнообразных ситуациях члены его Легиона присваивали себе не только имя Альфария, но и его личность, даже на советах с союзными Легионами и посланниками Имперского Двора, а впоследствии — с Воителем. Помимо этого, многие высказывали необычную точку зрения, будто у Альфа-легиона был не один примарх, или же что Альфарий мог каким-то образом «раздваиваться» физически и одновременно появляться в нескольких местах, возможно даже на разных планетах. Некоторые даже связывали скрытую истину со знаком трехглавой гидры, которая впоследствии стала символизировать Легион в этом отношении.
Усугубляя эту загадку и прямой обман, распространенный Альфарием, многие из заслуживающих доверия свидетельств расходятся относительно внешности примарха. Во многих случаях описывается, что он обладал таким же телосложением и наружностью, как все его легионеры и мог незамеченным перемещаться в их рядах. В то же время другие записи рисуют его громадным и устрашающим, как прочие примархи, облаченным в зловеще изукрашенную броню, отделанную изображениями гидры, и вооруженным грозным двусторонним копьем. Свидетельства современников указывают, что Альфарий был искусен в тактике и стратегии, и имперские стратеги оценивали его таланты наравне с легендарными способностями Пертурабо и Жиллимана. Говорят, что он обладал потрясающей эрудицией, но его великий разум был холоден и бдителен, словно взгляд гадюки.