Ко времени событий на Истваане III основной контингент легиона, предположительно составлявший две трети в плане живой силы и кораблей, и собранный из самых мощных кланов, под прямым командованием примарха в составе 52-го экспедиционного флота. Из-за вызванного гнусным предательством Фулгрима неудержимого гнева Феррус Манус вырвался далеко вперёд флота и добрался до Истваана V лишь с отборными подразделениями из его избранного в то время клана Аверни, которые были почти полностью истреблены в бойне зоны высадки. Также уничтожены были и многие корабли следовавшего за примархом 52-го экспедиционного флота с десятками тысяч Железных Рук на борту, которые позднее вышли в системе Истваан, не зная, что направляются в смертельную ловушку. Спастись удалось лишь немногим. Вместе потери были велики, однако Железных Рук уцелело гораздо больше, чем воинов других оказавшихся на бойне легионов, поскольку крупные группы сынов Мануса уже вели боевые действия в других регионах и либо не услышали призыва обрушиться на предателей, либо не смогли ему внять. Но легион всё равно был ужасно ослаблен, выжившие были рассеяны физически и полностью духовно опустошены потерями.
Сокрушённые и едва пришедшие в себя Железные Руки раскололись, и полная история произошедшего с отпрысками Ферруса Мануса остаётся загадкой по сей день. Однако известно, что некоторые кланы восстановили совет Железных Отцов на Медузе, чтобы принять руководство разбитым легионом, и ускорили набор и создание новых космодесантников из обширных запасов геносемени для восстановления легиона. Также считается, что впоследствии некоторые подразделения Железные Руки, а иногда и целые кланы отвергли власть совета Медузы и сражались в одиночку, отдавшись ненависти и жажде мести. Эти разобщённые легионеры сражались в собственной войне, ради которой предположительно воспользовались тёмными и запретными силами из древних эпох человечества, хотя впоследствии клановый совет Железных Рук это яростно отрицал.
Однако неоспоримым является факт, что другие одинокие сыны Мануса и небольшие группы воинов полностью отказались от цветов легиона и либо сражались одни, либо стали отступниками, отрёкшись от имени Железных Рук. Какой бы ни была правда об этих ужасных временах в годы после бойни в зоне высадки, легион Железных Рук, в целом возглавляемый фракцией Медузы, смог вернутся в бой против предателей, нанося сокрушительные удары на внешних мирах, но он был тенью себя былого: легион больше не был целым, сплочённым и вменяемым.
В глазах воинов легиона в смерти Ферруса Мануса была неудача и была слабость. Для одних выживших Железных Рук их примарх, считавшийся образцом силы и разума, в смерти оказался слабым, а, следовательно, и сами порождённые им легионеры были слабы и возможно по собственной вере заслуживали гибели. Другие винили в первую очередь отвергнувших Императора предателей и всей душой отдались братоубийственной ненависти. Третьи обратили взор внутрь, презирая собственные кажущиеся изъяны спеси и слабой плоти, а другие вынашивали зёрна глубокого недоверия и гнева на тех братьев и союзников, кто подвёл их примарха, позволив либо обмануть себя, либо отослать прочь. Однако, независимо от того, кто был истинным виновником, многие из оставшихся без отца легионеров Железных Рук отреагировали на кризис гораздо проще: их поглотила безумная ярость.
Пусть основные силы бронетанковых подразделений Железных Рук и были ограничены трюмами «Феррума», но состояли из лучших боевых машин и экипажей легиона.
Увы, когда воины второй волны сбросили маски и открыли огонь по сынам Ферруса Мануса, Вулкана и Коракса, многие из боевых машин направлялись на укрепления Сынов Хоруса, Детей Императора, Гвардии Смерти и Пожирателей Миров. Их менее защищённые тылы были открыты орудиям Несущих Слово, Повелителей Ночи и особенно Железных Воинов. В результате вероломного обстрела сзади они понесли ужасающие потери в первые минуты после того, как предательство Лоргара, Кёрза и Пертурабо открылось. Но экипажи всех танков на службе Железных Рук продолжали отважно сражаться, часто жертвуя собой, чтобы выжившие пехотинцы могли вырваться из ловушки и рассеяться в пустошах, чтобы бороться дальше.
«Цербер» легиона «Интемперата»