В этом Великом крестовым походе Император поставил себе цель избавить человечество от чужаков и тварей варпа, которые едва не истребили род людской. Мир за миром отвоевывались обратно; те, где существовало человеческое сообщество, становились частью Империума — они «достигали согласия» с «Имперской истиной», если выражаться стилем тех великих дней. Где возможно, интеграция достигалась дипломатией и обещаниями лучшего будущего и более плотных связей с галактическим сообществом людей, а где нет — силой оружия. Свергались тираны, ложные религии и догмы запрещались, очень часто к людям проявлялось милосердие, если только они не превратились в безвозвратно развращенных или слишком жутко изменились. Но чужакам не было пощады, и таких ксеносов-угнетателей изгнали или истребили в серии эпических войн, освобождавших миллиарды рабов и рвавших империи в клочья. В каждом закоулке космоса обнаруживался беспощадный бич — орки, внезапно размножаясь, как крысы в разрушенном городе, и всюду с ними сражались и отгоняли. Опять встретились вероломные древние эльдар, и тех, кто не отступил перед мощью Великого крестового похода, на каждом шагу преследовали смерть и разрушение. Помимо этих крупных рас встречались и бессчетные прочие; низшие виды истреблялись без жалости и сожаления, а тех, что оказались слишком странными и ненормальными, чтобы победить их в обычной войне, — к примеру, отвратительных хруддов или кошмарных слот, — подавляли и, где возможно, изгоняли во внешнюю тьму. Не уклонялся Великий крестовый поход и от своего самого неприятного долга. Те открытые миры, что оказались заражены тварями варпа, где границы реальности были прорваны, те миры очищались мощными вирусными бомбами и вортексными ракетами во время апокалиптических орбитальных бомбардировок, чтобы уничтожить всё живое и запечатать брешь, но этот акт, известный как «Экстерминатус», никогда не применялся безоглядно.
За время Великого крестового похода легионы Космодесанта воссоединились со своими примархами: миры, на которые тех забросило, рано или поздно все были найдены Императором. И это Император тоже обернул в свою пользу: большинство планет, на которых росли примархи, были обозначены, как родные миры легионов, были хорошо укреплены и развиты. Эти миры, вместе с горсткой других стратегически занятых планет, стали опорными пунктами Великого крестового похода по мере того, как он уходил дальше и дальше от Терры, а прямое централизованное управление и координация войск становились всё труднее. На этих новых базах и вновь присоединенных далеких мирах-кузницах Механикума Великий крестовый поход мог накапливать силы и атаковать практически любого врага по всей Галактике.
Для руководства Великим крестовым походом перед его началом Император создал Военный совет. Совет стал фактически правящим органом Империума во время крестового похода, и через него закон Императора был принесен в сотни тысяч человеческих миров. Император заседал во главе Совета, по его левую руку сидел Малькадор, а вместе с ними — величайшие из генералов, выкованные в пламени Объединительных войн, и одаренные управленцы, набранные из великих правящих династий Терры и Солнечной системы, а когда Император заключил союз с Марсом, свое место в Совете занял и генерал-фабрикатор Механикума. Совет обслуживала группа астропатов, обеспечивая связь между членами Совета, которые всё реже собирались вместе физически из-за масштабов расширяющегося Империума и трудностей, присущих путешествиям через варп.
Только что отвоеванные миры передавались под власть новоучрежденной системы имперских командующих, каждый из которых правил, жил и умирал по приказу Императора и его Военного совета. Многие из этих новых лидеров были военными, которые в награду за службу получали власть над планетой от имени Императора. Прочие были туземными правителями, которые преклонились перед Императором и были вознаграждены за свое благоразумие.
Имперские командующие были полновластными хозяевами в своих мирах, однако действовали они в четко определенных рамках имперского закона и несли большие обязательства. Прежде всего они обязаны были поддерживать Имперскую истину, затем — обеспечивать выплату десятины ширящемуся Империуму солдатами и ресурсами, буде она истребована, а также — предоставлять кров и пищу армиям и флотам Императора. Вдобавок, немаловажной их обязанностью было очищать население от серьезных мутаций, особенно — псайкеров. Каждый командующий получал приказ ждать прилета огромных черных кораблей для переправки псайкеров на Терру, и кораблям этим нельзя было препятствовать под страхом уничтожения всех жителей планеты. Эти великие обязательства назвали имперской десятиной.