Зимний дворец разрешил Зубатову поэкспериментировать с рабочими только в Москве, под бдительным присмотром Д. Трепова и великого князя Сергея Александровича. Зубатов создал в охранном отделении библиотеку соответствующих книг, отрицающих марксизм и предлагающих гармонию всех классов и только экономическую борьбу. Из своих агентов-рабочих Зубатов подготовил пропагандистов своих идей. Он сам проводил все занятия, читал лекции. Лев Тихомиров печатал в «Московских ведомостях» соответствующие статьи. Вскоре на нескольких фабриках и заводах были созданы кружки, в которых начались занятия с рабочими, не знавшими, естественно, что участвуют в стратегической полицейской операции. Вреднейшим мировым социалистом зубатовцы называли Карла Маркса. Первым была создана рабочая касса взаимопомощи, потом начались воскресные собрания в чайных, в клубах, по разрешению московского обер-полицмейстера Д. Трепова. Рабочие беседовали о своих делах, пили чай, отдыхали, Зубатов держался в тени, со всеми ходатайствами ходили сами рабочие во главе с его агентами, статный советник устроил в охранном отделении консультационный пункт, в котором по воскресеньям его офицеры принимали от рабочих заявления, давали разъяснения, нужные справки. Создавалась видимость, что рабочие всего могут добиться своим, мирным путем, с помощью правительства. Приходивших на собрания революционеров-пропагандистов выслеживали, потом арестовывали, и это была большая ошибка Зубатова, из-за которой контролируемое им рабочее движение так и не стало массовым. Москву в подполье стали называть гнездом провокации, и о самих зубатовцах пошли слухи, как о провокаторах. Через несколько лет общество узнало, что десятки зубатовцев получали ежемесячное содержание от двадцати до ста рублей и больше, субсидии на организаторские расходы.
В феврале 1902 года обер-полицмейстер утвердил зубатовский устав «Московского общества вспомоществования рабочих в механическом производстве». Постоянно рабочим стали читать лекции университетские профессоры, и на них присутствовали сотни слушателей, которые начали самостоятельно размышлять. Когда хозяева фабрик и заводов узнали, что их рабочим читают лекции о коллективном договоре, об установлении условий труда путем взаимных соглашений рабочих и предпринимателей, они пришли в ужас. Рабочие говорили о фабричной инспекции, призванной быть арбитром рабочих и хозяев: «Господин инспектор нам не защитник. Когда он приезжает на фабрику, идет прямо в кабинет директора, а на фабрику никогда не заходит. Мы его не видим. Когда кто-то из нас обращается к нему на квартиру с жалобами, он тогда приезжает на фабрику, идет в кабинет директора и запирается с ним. Потом из кабинета выходит директор и кричит на жалобщика: «Врешь, негодяй, я так с тобой не поступал». После этого инспектор говорит: «Видишь, ты врешь». Он обвиняет нас и выгоняет вон».
После создания в Москве зубатовских обществ жалобы рабочих на побои и хамство начальства выросли в двадцать раз, и обоснованными были признаны почти все. У тысяч рабочих активно развивалось самосознание и самоуважение, понимание своих прав и социальных претензий. Рабочие собрания проводились в аудитории Исторического музея и шестисот мест не хватало. Был выстроен Работный дом с залом на две тысячи мест и он не пустовал. Зубатов аккуратно создал в Москве Рабочий совет из семнадцати человек, и только он сам знал, сколько там было его агентов: «Дело идет блестяще. Обладая Советом, мы располагаем фокусом всей рабочей массы и благодаря этому рычагу можем вертеть всею громадой».
Заводчики, фабриканты и инспекция пошли на зубатовские общества в крестовый поход. Со всех сторон на министра внутренних дел Сипягина посыпались доносы, и он грозно запросил Трепова, на основании каких законов созданы союзы и советы рабочих. Трепов напомнил, что в виде исключения. Фабриканты и заводчики, не желая улучшать жизнь рабочих, в доносах во все инстанции стали писать, что Зубатов подрывает устои самодержавия. Количество доносов от шести тысяч владельцев и фабрик было колоссальным. Зубатову был нужен большой успех и 19 февраля 1902 года он организовал грандиозную манифестацию в Кремле, на которую возлагать цветы к памятнику Александру II собралось пятьдесят тысяч рабочих, без единого полицейского: «Оказалось, что пятидесятитысячная толпа вела себя как дисциплинированный полк солдат, и треповская перчатка играла роль волшебной палочки. Не произошло ни малейшего беспорядка или замешательства».