В Европе 1903 года Азеф подробно изучил современные взрывчатые вещества и предложил сделать их главными техническими средствами террористической борьбы. Он докладывал в ЦК партии, что еще народовольцы 1880-х годов на основании своего богатого опыта пришли к выводу, что револьверы при покушении надо заменить бомбами, и повторял старую революционную поговорку «Мало вера в револьверы». Азеф, то ли согласовав, то ли нет, эту свою идею с Департаментом полиции, заявил, что основой террора должен стать динамит, и это позднее стало считаться в парии одной из самых крупных его заслуг. Азеф разработал систему приемов, обеспечивавших успех террористических актов и постоянно контролировал их строгое соблюдение. Члены Боевой Организации полностью отделялись от партии, не имели права пользоваться общепартийными конспиративными квартирами и явками, общаться с товарищами по партии, не являвшихся членами Боевой Организации, пользоваться нелегальными партийными паспортами. Азеф заявлял, что «при большой распространенности провокации в организациях массового характера, общение с ними для боевого дела будет губительно».
У Боевой Организации было много денег и добровольцев, из которых Азеф мог выбирать лучших боевиков. Для подготовки покушения создавались отдельные группы наблюдения за образом жизни и маршрутах сановников, их привычках и предпочтениях, частных знакомствах и деловых связях. Члены контрнаблюдательного отряда собирали информацию, как извозчики, продавцы газет, мелкие торговцы вразнос, посыльные, просто гуляющие, наниматели квартир рядом с местом жительства или работы объектов террористической атаки. В наружном контрнаблюдении изобретательность Азефа была поразительна, особенно с учетом того, что полицейские агенты наружного наблюдения постоянно находились на улицах и присутственных местах, где бывали члены имперского правительства, жили, работали, просто проезжали. Члены группы эсеровского контрнаблюдения деятельно собирали нужные для убийства очередного сановника сведения.
Отдельные группы боевиков занимались техническим обеспечением политических убийств, изготавливали взрывчатые вещества и снаряжали бомбы, держали «окна на границе», вели паспортное бюро, доставали револьверы, пистолеты, патроны, вели типографии. Отдельную обособленную группу составляли террористы – исполнители покушений. Контрнаблюдение, техника и боевики были строго отделены друг от друга. Отношения между тремя главными отделениями Боевой Организации поддерживались специальными посредниками-руководителями. До самого покушения исполнители политических убийств жили как обычные люди, стараясь не попадать в поле зрения полиции. Непосредственно на покушение шли только метальщики, техник, снаряжающий и разряжающий бомбы и руководитель-связник. Член ЦК эсеров В. Чернов писал, что блестящие успехи Азефа объяснялись его техническим гением, умением продумывать все взаимные случайности, затруднения, даже опасности. Все члены Боевой Организации соблюдали железную дисциплину, слепо подчинялись воле Азефа. Сам террористический акт становился конечной точкой большой, очень сложной и дорогостоящей работы.
Организовав роботу Боевой Организации в январе 1904 года Азеф вернулся в Россию. Почти сто боевиков с нетерпением ждали его приказа. По решению Центрального Комитета партии эсеров Боевая Организация должна была убить Плеве.
Родившийся в 1846 году Вячеслав Плеве в тридцать пять лет стал директором Департамента полиции, с 1884 по 1894 год прослужил заместителем министра внутренних дел, затем восемь лет прослужил статс-секретарем по делам Финляндии и в 1902 году был назначен министром внутренних дел после убийства Сипягина. После прихода к власти большевики называли его палачом, боровшимся с переместившимся в Россию центром революционного движения. Как только Плеве возглавил имперское МВД, он увеличил количество охранных отделений и охранников, усилил Департамент полиции и жандармские управления. Плеве широко применял полицейский террор. Сначала с помощью Зубатова Плеве пытался развратить рабочее движение и взять его под опеку полиции, а потом стал давить рабочие забастовки и демонстрации, посылал карательные экспедиции на волновавшихся крестьян. Министр увеличил и так необъятные права губернаторов и заявил им на совещании в Петербурге: «При превышении власти вы всегда найдете во мне защиту, но при бездействии власти – никогда».