Будущий писатель родился 9 апреля 1922 года в Баку. Его отец, участник Первой мировой, после возвращения с русско-турецкого фронта в 1918 году решил остаться в этом азербайджанском городе и встал на постой в доме, где с конца XIX века жила переселившаяся из Минска семья его будущей жены. Был он фармацевтом, но резко изменил все свое существование: закончил филологический факультет и стал преподавать латынь в мединституте.
После школы Евгений, с детства увлекавшийся рисованием, решил стать архитектором. В 1939 году он поступил на факультет истории и теории искусств Академии художеств в Ленинграде и планировал через год перейти на архитектурный. Но в том же 1939-м появился Закон о всеобщей воинской обязанности, никаких отсрочек не предусматривавший, так что спустя несколько месяцев после совершеннолетия Евгений получил повестку. Никогда не помышляя о многолетней военной службе, в октябре 1940 года он попал в Отдельный восстановительный железнодорожный батальон на бывший финский полуостров Ханко (он же Гангут). Участвовал в строительстве ветки для транспортеров, несших пушки главного калибра, работал в библиотеке и художником в клубе. Командиры были всякие, так что неспроста в одном из романов писателя приведена известная всем служивым поговорка: «На флоте так: стой там — иди сюда». Хотя собственно на флот Войскунский попал только в начале Великой Отечественной…
«Люди выбитого войной поколения не выбирали себе судеб. Те, кому посчастливилось, выжили — формула нашей судьбы», — сказал писатель в полюбившемся многим читателям романе «Кронштадт» (1984). «Недосып, много тяжелой работы. Очень много шуму. И гибель… Было голодно, сил не хватало для жизни», но все равно надо было жить: «Всему надо радоваться, братцы».
Со школьных лет одержимый литературным зудом Войскунский осенью 1941 года стал корреспондентом редакции газеты «Красный Гангут». Он участвовал и в обороне, и в десантах. После Ханко — в редакции кронштадтского «Огневого щита», в 1944 году снова оказался в Финляндии. Затем его командировали на военную базу полуострова Порркала-Удд. Военному журналисту Войскунскому присвоили звание старшины I статьи, он был награжден медалями, орденом Красной Звезды (вторую Звезду он получил после победы). И вскоре присвоили звание младшего лейтенанта. Он служил в Пиллау (Балтийск) в качестве журналиста флотской печати, затем политработником Балтийской дивизии подводных лодок в Лиепае. С 1947 года учился на заочном отделении Литературного института имени Горького, закончил его в 1952-м. В 1956 году на флоте начались большие сокращения, Войскунский в звании капитан-лейтенанта (капитана III ранга ему присвоили позже) вышел в отставку и уехал в родной Баку.
В том же году в «Воениздате» вышла его первая прозаическая книга — небольшой сборник повестей «Первый поход». Еще через год пьеса Войскунского «Бессмертные» получила премию на Всероссийском конкурсе, а в 1959-м его приняли в Союз писателей.
Словом, литературная жизнь налаживалась. Но 1960-е оказались для успешного писателя-реалиста десятилетием фантастики: вдохновленные удачным НФ-дебютом Войскунский и Лукодьянов продолжали активную работу в этом жанре до середины 1970-х, опубликовав повесть «Черный столб» (1963), сборник рассказов «На перекрестках времени» (1964), роман «Очень далекий Тартесс» (1968). А повесть «Формула невозможного» даже была экранизирована советским ТВ.
Но если «Плеск звездных морей» (1970), описывающий попытки планетарной инженерии и рисующий панораму коммунистической утопии, цензура приняла благожелательно, то роману «Ур, сын Шама» (1975) не повезло: ретивые функционеры Госкомиздата обвинили книгу в «протаскивании» сионизма и навесили ярлык «вражеская пропаганда». Наступали другие времена…
Последняя совместная книга Е.Войскунского и И.Лукодьянова вышла в 1980 году — НФ-роман «образца начала шестидесятых» под названием «Незаконная планета». В создании еще одного варианта желаемого будущего соавторы преуспели: в него начинаешь верить. К сожалению, Исай Борисович, чье здоровье сильно пошатнулось, отошел от литературных дел.
Е.Л.Войскунский еще с 1962 года вел немалую организационную и «воспитательную» работу в области фантастики, сначала на «посту» руководителя Комиссии по научно-фантастинеской литературе при Союзе писателей Азербайджана, а после переезда в 1971 году в Москву стал одним из руководителей Московского семинара молодых фантастов и знаменитных Малеевок, вошел в Совет по научно-фантастической и приключенческой литературе при Союзе писателей СССР. В течение нескольких лет он был членом редколлегии легендарных сборников «НФ» издательства «Знание», выступил составителем двух выпусков.