Однако ряд ведущих лингвистов до сих пор осторожно относятся к возможности отнесения юкагирского языка к уральским (Дыбо А. В., Мудрак О. А). Оппонент этой гипотезы лингвист О. А. Мудрак, критикуя эту позицию, отмечает недостаточное число лексических сопоставлений, приводимых ее сторонниками, и указывает на то, что значения сопоставляемых слов порой довольно далеки друг от друга. Сам О. А. Мудрак в 2000-е годы разработал теорию родства юкагирских языков с нивхским. Продолжая свою работу, он сопоставил реконструированные им чукотско-камчатский и нивхско-юкагирский праязыки. Он обнаружил регулярные фонетические соответствия между этими языками, собрал этимологии, а значит, смог предложить гипотезу родства этих двух семей. Для предложенных им языковых общностей О. А. Мудрак вводит новые термины: «охотские языки» – для объединения чукотско-камчатских и нивхско-юкагирских, и «палеосибирские языки» – для объединения «охотских» и алеутских языков, при этом относя нивхско-юкагирские языки к алтайским [Мудрак, 2011].
Исследования известного фольклориста В. В. Напольских поддерживают уральскую гипотезу. Древнеуральская общность существовала в мезолитическое время на территории таежной зоны от Урала до правобережья Енисея и была образована смешивающимися друг с другом группами двух антропологических типов: носителями т. н. древнеуральской расы (имеющей многие общие черты с большой европеоиодной расой) и низколицыми периферийными монголоидами ранней предковой формы катангского подтипа байкальской малой расы (разновидность большой монголоидной расы). В результате этого смешения у носителей пра-урало-юкагирских (и прауральских языков) возникли общие, специфические для их этнического ареала антропологические черты, следы которых и сейчас сохраняются у большинства уралоязычных народов с одной стороны, и юкагиров с другой.
Древнейшими этноязыковыми предками юкагиров суждено было стать каким-то восточным племенам пра-урало-юкагирской общности; в формировании этих племен приняли участие прежде всего вышеупомянутые низколицые монголоидные группы, но также и носители древнеуральского антропологического типа (с их частично близкими к европеоидам чертами).
Отделение прауральских языков от праюкагирских лингвистически может быть примерно датировано VI–V тыс. до н. э. или на одно-два тысячелетия ранее (в зависимости от датировки последующего распада уже самого прауральского единства, варьирующейся от VI–V тыс. до н. э. [Напольских, 1997] до IV тыс. [Хелимский, 2005]. Вероятным ареалом этого обособления носителей праюкагирских диалектов была восточная окраина ареала былой урало-юкагирской общности, занимавшая часть бассейна Енисея.
А. А. Немировский обратил внимание, что надежно выявленным фактом языковой эволюции юкагиров является разделение юкагирских диалектов (или значительной их части) на две ветви, давшие в итоге: одна – современный тундренный (североюкагирский, вадульский), а другая – современный колымский (лесной, южноюкагирский, одульский) юкагирские языки. Этот языковой распад исходного общеюкагирского ареала должен иметь немалые шансы отразиться и археологически – обособлением и разделением культур [Немировский, 2017].
Вероятное время расхождения североюкагирской и южноюкагирской ветвей И. А. Николаева предварительно оценивала по глоттохронологии временем около 2000 лет назад [Николаева, Хелимский, 1997]. М. А. Живлов уточнил этот вывод, составив юкагирские стословники для тундренного и колымского юкагирских языков [Живлов, 2011] и заключив, что после отсева доказанных заимствований в оба списка из не-юкагирских языков совпадения в них составляют менее половины (47 %), так что время начала расхождения их по глоттохронологии – ок. 1350 г. до н. э.
Датировки такого рода, конечно, неточны, но мы в любом случае должны принять, что уже к исходу II тыс. до н. э. – первым векам I тыс. до н. э. существовал не один этноязыковой праюкагирский или общеюкагирский ареал, а два ареала – пра-североюкагирский и пра-южноюкагирский, причем ареалы эти были достаточно мало связаны друг с другом, а центры их были достаточно удалены друг от друга для того, чтобы в следующие две тысячи лет они очень сильно разошлись по лексике.
Приведенная датировка расхождения североюкагирских и южноюкагирских языков соответствует времени разделения былого ымыяхтахского ареала на усть-мильский на юге и пережиточный ымыяхтахский на севере и дальнейшему сосуществованию этих ареалов [Немировский, 2017].
В последнее время основные этногенетические построения базируются на данных антропологии, в том числе генетики. По краниометрическим признакам юкагиры близки к тунгусо-маньчжурам и относятся к байкальской группе типов [Дебец, 1951: 71; Левин, 1958: 153]. По антропологическим данным юкагиры обнаруживают связи с народами Северной Сибири [Левин, 1961: 11].