В митохондриальном генофонде юкагиров доминируют гаплогруппы С и Б, отличающиеся исключительным внутри групповым разнообразием. Наиболее частой гаплогруппой в популяции юкагиров является гаплогруппа С. Обращает на себя внимание высокая частота гаплогруппы С2а, с наибольшей концентрацией (50 %) выявленной у лесных юкагиров. Особенности географического распределения корневого гаплотипа С2а и его производных указывают на его происхождение у древнего населения приполярных районов континентальной Сибири. Другими словами, вариант С2а представляет специфический палеосибирский гаплотип. Примечательно, что секвенирование ГВС1 мтДНК, извлеченной из ископаемых останков возрастом 3600 лет, найденных в северо-восточной Якутии, выявило вариант, идентичный С2а. На территории континентальной Сибири к югу от юкагирского ареала корневой вариант С2а также встречается, но с гораздо меньшей частотой [35].
Исследования якутского генетика С. А. Федоровой показали, что популяции юкагиров отличаются относительно высоким содержанием гаплогрупп Q и C3* Y-хромосомы, характерным для популяций Америки и древнего населения Сибири эпохи верхнего палеолита. Также выявлено, что митохондриальный генофонд эвенов более близок к генофонду юкагиров, тогда как состав линий Y-хромосомы сходен с эвенкийским [169].
Этнографы давно обратились к проблеме этногенеза юкагиров, но недостаточное количество материала, а порой их отсутствие, не позволяло делать какие-нибудь серьёзные выводы.
И. С. Гурвич считал юкагиров прямыми потомками древнейшего аборигенного населения Северо-Востока Азии [122, с. 44], основываясь на мнениях Окладникова А. П., Долгих Б. О., Левина М. Г.
Древнейший субстратный пласт, легший в основу северо-восточных палеоазиатов, И. С. Гурвич связывал с сумнагинской культурой [Этногенез народов Севера, 1980: 226]. Дальнейшие археологические исследования в этом регионе показали довольно сложную и не такую уж ясную картину этнокультурного развития [112]. Тем не менее, И. С. Гурвич, сопоставляя территории ымыяхтахской культуры и расселения юкагиров в XVII в., а также отмечая некоторую близость культуры археологической (ымыяхтахской) к этнографической (юкагирской), посчитал возможным определить носителей ымыяхтахской культуры прежде всего как праюкагиров [Этногенез народов Севера, 1980: 144].
В этнографической науке для выявления генетических связей большое внимание уделяют исследованию похоронной обрядности, как одной из наиболее консервативных черт общественного бытия. Этнографические наблюдения показывают, что смена форм погребений происходит редко, обычно под сильным влиянием соседей или разных изменений в идеологии, поэтому формы захоронений могут служить некоторых случаях этническим определением.
Основным видом захоронений на Севере был так называемый воздушный способ на столбах или обрубках деревьев, на ветвях, а также наземный в тундренной части – на нартах, в ящиках на поверхности земли, в кругу из камней, что можно считать разновидностью воздушного способа ввиду отсутствия леса. У юкагиров известно два типа воздушных захоронений: в деревянных ящиках-срубах (сайбах), которые помещались на срубных стволах деревьев, и в лодке. На основании уже этого мы можем отвергнуть этногенетические связи с северо-восточными палеоазиатами (чукчами, коряками), сжигавшими своих покойников, зато четко прослеживаются эти связи с уграми и самодийцами – параллели наблюдаются с селькупами [137, с. 66–70], ненцами и нганасанами [Грачева, 1971,
Очевидным является связь с угро-самодийцами и таком виде погребения, как захоронение покойника в сидячем положении. Оно практиковалось у нганасан [Грачева,
Известную близость обнаруживают юкагирские представления о реинкарнации души с верой юконских индейцев о переселении души умершего в своего тезку [Гурвич, 1981: 125]. Можно отметить параллели с мумифицированием покойников у алеутов, чукчей, азиатских эскимосов [Дьячков А. Е., 1993; Богораз В. Г., 1939; Лафлин У.С., 1981] с анатомированием трупов шаманов у юкагиров [Иохельсон, 1900: 110].
Совпадают представления о загробном мире у нганасан и у юкагиров. Так, вход в страну мертвых сторожит старуха с собакой, практиковались жертвоприношения и ритуальные захоронения собак [Иохельсон, 1900: 114; Долгих, 1952б: 79], подобные захоронения мы встречаем и на Аляске [Алексеев, 1967: 11].