Цельность интерьера молитвенного зала нарушается примыкающими к северной стене деревянными двухъярусными балконами по обе стороны от высокого входного портала, и своеобразной «царской ложей», расположенной в юго-восточном углу помещения. Балконы, закрытые решетками и предназначенные для женщин, являются поздним дополнением, что доказывается лестницами на верхний ярус, частично перекрывающими проходы в изолированные угловые табхана. Особое место для правителя – эмир-мафиль (emir-mahfili, «княжеское возвышение») или хункар-мафиль (hünkâr-mahfili, «возвышение для господина»; слово hünkâr входило в официальную титулатуру султана) воспроизведено в османской мечети впервые48, но и для сельджукской архитектуры было редкостью. Возможно, первоначально это возвышение в эдирнской мечети было поднято на деревянных столбах (аналогично сохранившемуся в позднесельджукской Эшрефоглу-джами в Бейшехире) и лишь позже приняло вид широкого мраморного балкона, поднятого на аркадах, опирающихся на мраморные колонны, но оно существовало в юго-восточном углу интерьера изначально. Появление хункар-мафиля в мечети медицинского комплекса под Эдирне могло объясняться необходимостью оградить султана от контакта с пациентами лечебницы; но в любом случае наличие этого элемента в интерьере Баязид-джами свидетельствует о ее особой роли места молитвы самого султана Османского государства – в существовавших к тому времени городских мечетях Эдирне подобных мафилей не было (в Эски-джами «царское место» в виде деревянной террасы появилось позже). С этого момента хункар-мафиль станет индикатором османских мечетей, возводимых по непосредственному заказу правящего султана; подобные отделенные места, недоступные для простых молящихся, были призваны не только обеспечить комфортную изоляцию правителя во время пребывания в мечети, но и буквально «вознести» его над уммой, а также «обозначать» незримое присутствие эмира, упоминаемого в хутбе (проповеди с выражением лояльности светскому владыке) в городских мечетях.
С востока и запада к кубическому объему мечети пристроены два блока табхана, в плане образующие вместе с квадратным залом литеру Т. Каждое из текке49 также квадратное в плане, длина их достигает ⅔ длины основного объема мечети, а высота – трети высоты куба до двойного фриза; каждое разделено на девять одинаковых ячеек, перекрытых куполами на парусах; центральные квадраты являются аналогами дворовых световых ячеек, их купола имеют фонари; примыкающие ячейки, образующие рукава равноконечного креста, выполняют функцию отрытых в центр айванов; изолированными оказываются только угловые секции, которые могли служить пристанищем для восьми человек (при одноместном размещении). Происхождение подобной композиции блоков табхана из девяти ячеек можно возводить как к византийской крестово-купольной системе, так и к четырехайванной планировке центрально-азиатских зданий; однако Г. Гудвин указал и более близкий и представительный аналог – Изразцовый павильон (Çinili Köşk, 1472), позже вошедший в состав дворца Топкапы, первое светское здание османского Стамбула, сочетающее иранские и венецианские черты50. В этом случае правомерно говорить о распространении планировочных приемов столичной архитектуры в провинцию, использовании композиции светских зданий в культовом зодчестве, приспособлении наработок дворцовой архитектуры к более прозаическим нуждам.
В отличие от дополнительных помещений в раннеосманских мечетях-завие, легко доступных из основного пространства мечети (обычно из центральной – «дворовой» – секции), табхана, пристроенные к Баязид-джами, оказываются изолированными – в боковых стенах молитвенного зала сделаны по три оформленные портальными рамами прохода, ведущие в прилегающие к залу айваны боковых блоков и угловые ячейки, но эти проходы закрыты двустворчатыми дверьми, что позволяло регулировать проникновение из молитвенного зала мечети как в оба комплекса табхана, так и непосредственно в соседние с ним индивидуальные помещения. Необходимо отметить, что благодаря наличию проходов в мечеть в каждом из текке располагались два помещения, обитатели которых имели возможность проходить прямо в зал мечети, минуя общие айваны, и две полностью изолированные комнаты, входы в которые открываются в айваны возле внешних дверей, позволяя сразу выйти за пределы мечети; кроме того, жильцы «внешних» северных табхана имели возможность незаметно покинуть их через проходы внутри оснований минаретов. Возможно, распределение помещений разной степени доступности извне и изнутри регламентировалось какими-то различиями в статусе или деятельности «гостей».