Когда же убежденный дарвинист и основатель неодарвинизма Август Вейсман выдвинул весомые аргумента против самой возможности наследования приобретенных признаков и обосновал существование барьера между телесными (соматическими) структурами препятствующего искажению наследственных признаков при их передаче от поколения к поколению, любые влияния жизненных процессов на наследственность были отвергнуты, а ламаркизм во всех его формах стал рассматриваться подавляющим большинством ученых как устаревшая и полностью опровергнутая теория.
Неодарвинизм синтетической теории эволюции принял за основу исходное положение Дарвина о происхождении видов путем отбора неопределенной наследственной изменчивости и совершенно проигнорировал весь комплекс представлений классического дарвинизма об активной роли борющихся за существование организмов в направленности отбора и выживании наиболее приспособленных.
Логика неодарвинизма, исходившая из представления об абсолютной непроницаемости барьера Вейсмана, была такова: если жизненные процессы со всеми их приобретениями и потерями не оказывают существенного влияния на наследственность, то они и не имеют сколько-нибудь существенного эволюционного значения; все приобретенные в индивидуальной жизни признаки и свойства организмов, выраженные в модификациях, умирают вместе с их носителями, не передаваясь последующим поколениям и не оказывая на них никакого влияния. Следовательно, существенное эволюционное значение имеет лишь отбор неопределенных наследственных изменений, которые возникают в результате мутаций и рекомбинаций генетических структур.
Получалось, что генетические манипуляции, происходящие в ядрах клеток многоклеточного организма имеют более важное эволюционное значение, чем сам развивающийся и приспосабливающийся в борьбе за существование целостный организм. Центральное место в СТЭ заняла популяционная генетика, занятая вычислениями вероятностей случайных процессов, возникающих при распространении в генофондах популяций разнообразных мутационных изменений. От дарвиновской борьбы за существование полностью не отказались, но она была признана лишь в качестве фактора, непосредственно включенного в протекание отбора и не имеющего никакого самостоятельного значения для эволюционных преобразований. Соответственно для биологической работы вообще не осталось места в теории эволюции. Любые указания на эволюционное значение самопреобразования организмов в процессах их работы для выживания стали третироваться как пережитки ламаркизма.
Несостоятельность геноцентрических искажений дарвинизма уже в середине XX века осознал крупнейший российский биолог-эволюционист Иван Шмальгаузен, который считается одним из создателей синтетической теории эволюции. В своих фундаментальных трудах, созданных в тяжелейших условиях сталинской реакции и торжествующей лысенковщины, он смог гораздо глубже, чем его коллеги по созданию СТЭ, проникнуть в сущность эволюционных процессов и подготовить почву для нового, более прогрессивного эволюционного мышления в биологии.
Используя достижения генетики своего времени и вступив в неравную борьбу с лысенковцами, объявившими генетику и кибернетику «продажными девками империализма», Шмальгаузен в центр теории биологической эволюции поставил не генетику популяций, а эволюционную морфологию, в развитие которой он вслед за своим учителем А.Н. Северцовым внес решающий вклад. К сожалению, этот вклад вплоть до нашего времени остается по-настоящему не оцененным мировым научным сообществом и почти ему неизвестным. Шмальгаузен вошел в историю биологического эволюционизма XX века лишь как автор концепции стабилизирующего отбора, которая была включена в СТЭ в качестве своеобразного дополнения, без которого можно было бы обойтись.
В полном соответствии с установками научного мышления своего времени Шмальгаузен признавал мутации единственным источником эволюционных новшеств и сырым материалом эволюционного процесса, приводящим к эволюционным изменениям только под действием отбора. Но факты эволюционной морфологии, на которые он опирался в своих теоретических представлениях, приводили его к иным, зачастую противоположным выводам. Он рассматривал модификации, т. е. ненаследственные изменения, приобретенные организмами в жизненном процессе под воздействием среды в рамках наследственно закрепленных норм реакции, как переходные формы, обладающие способностью при определенных обстоятельствах оказывать направляющее действие на отбор и указывать путь дальнейшей эволюции.