Как писал позднее митрополит Евгений Болховитинов об этом произведении Габлица, «книга сия и все приложенные к ней карты оставались неизданными», а все из-за начавшейся войны с Оттоманской Портой. Географическая часть этого труда была напечатана только в 1803 году. А одну из карт с описанием Гераклийского полуострова, приложенных к рукописи Габлица, Болховитинов опубликует уже после смерти автора, в 1822 году в «Отечественных записках» П. П. Свиньина и переиздаст ее в 1828 году в трудах Общества истории и древностей российских при Московском университете. Любопытно, что в отделе рукописей Российской Национальной библиотеки (Петербург) хранится анонимное «Историческое описание Таврической области от древнейших до нынешних времен», которое некоторые исследователи приписывают Габлицу. А историк И. В. Тункина обнаружила в Российском Государственном Военно-историческом архиве «План развалинам города Херсона», который был поднесен императрице, с автографом Карла Ивановича.
В конце 1787 года сражения с оттоманами шли и у самых берегов Крыма. Не исключалась высадка на полуострове турецкого десанта. А потому Карлу Ивановичу пришлось на некоторое время оставить науку и сосредоточиться на вопросах обороны и снабжения действующей армии продовольствием и фуражом. К тому же в феврале 1788 года его произвели в коллежские советники и назначили вице-губернатором Таврической области, коим он оставался до 1796 года. Летом же, когда губернатор Каховский был отозван под Очаков, дабы принять должность генерал-провиантмейстера, Габлиц на пять месяцев принял на себя обязанности правителя Тавриды, что в ту военную пору было задачей многотрудной.
Достаточно сказать, что после двух неурожайных лет требовалось накормить и снабдить зерном «на посев» голодных поселенцев. Провизией надобно было обеспечивать и армию под Очаковым. Потемкин только и слал депеши – в августе требовал, к примеру, поставить 2000 голов скота! При этом на Габлице лежала еще и ответственность за безопасность полуострова. Готовились к вражескому десанту, а когда опасность его миновала, пришлось заниматься переводом в Симферополь правительственных учреждений. Но он с блеском справился с этими поручениями.
Примечательна его переписка с прославленными русскими полководцами – героями той войны. Великий А. В. Суворов знал его лично и называл «высокоблагородным и высокопочтенным». Самые добрые отношения связывали Габлица с легендарным адмиралом Ф. Ф. Ушаковым, который в те годы командовал Севастопольской эскадрой. Сохранилась корреспонденция Габлица с тогдашним русским послом в Турции М. И. Кутузовым.
Да и после прибытия в январе 1789 года в Тавриду нового губернатора, бригадира С. С. Жегулина, работы у Карла Ивановича не убавилось. А в 1793 году ему вновь пришлось на время возглавить управление краем. К старым проблемам добавлялись новые, и кто, как не он, должен был их решать!
Это при Габлице население Симферополя увеличилось с 815 жителей (1783) до полутора тысяч (1792); появились первенцы промышленности – пивоваренный, винокуренный и кирпичный заводы; открылись первая аптека и Главное народное училище (1793) – первое в Крыму среднее учебное заведение; закладывались виноградники, разбивались парки, сады. Показательно, что в историческом романе В. С. Пикуля «Фаворит» «ученый садовод Габлиц» говорит: «Вряд ли даже в Италии сыщем такое блаженное место, каковым является Таврида». И в Крым с его легкой руки были завезены кипарис, лавр, пиния, иудино дерево и другие средиземноморские иммигранты. Не случайно в первый день 1794 года императрица сделала Карлу Ивановичу новогодний презент – наградила его орденом св. Владимира 3-й степени.
Севастополь. Вид со стороны северных фортов
В том же году ему доверили надзор над Таврическим соляным промыслом. Он рьяно взялся за дело, разоблачил имевшиеся злоупотребления и удвоил соляные доходы, за что в феврале 1796 года был пожалован в статские советники. В том же году Карла Ивановича избрали в действительные члены Академии наук.
По восшествии на престол Павла I Габлица увольняют с должности вице-губернатора и отзывают из Крыма, что толкуется некоторыми историками как государева опала. На самом же деле этот взбалмошный император прогневался вовсе не на Карла Ивановича, а на… саму Тавриду, освоению и превращению коей в цветущий край столько сил отдали Екатерина, Потемкин да и Карл Габлиц. В пику византийским проектам матери, Павел в декабре 1796 года одним росчерком пера упразднил Таврическую область, переименовал Севастополь в Ахтияр, Феодосию в Каффу а Симферополь из областного города разжаловал в уездный.