Наш герой покидал дорогую ему Тавриду «с прискорбным сердцем». Но оказалось, что лично к Габлицу этот венценосец относился с «отличною милостью», и именно на краткое царствование Павла выпал наивысший взлет служебной карьеры Карла Ивановича. Тотчас же по приезде из Крыма ему поручили состоять при генерал-прокуроре по хозяйственной части. А когда под ведением генерал-прокурора учредили особую Экспедицию для управления делами государственного хозяйства, опекунства иностранных и сельского домоводства, Карл Иванович был назначен ее членом. То была творческая работа – Габлиц изобретал новые положения для усовершенствования «сельской экономии», а именно шелководства, виноделия, овцеводства, сбережения и умножения лесов и т. д. Кроме того, он как знаток оценивал оригинальные проекты других радетелей государственной пользы, «до крайности озабочен был делами», и делами для него интересными.
В день коронации Павла 5 апреля 1797 года Габлицу было пожаловано 250 душ крестьян в Нижегородской губернии. В сентябре его производят в действительные статские советники и назначают первым товарищем министра Департамента уделов. Помимо прежних забот, в его ведении оказались еще и все удельные имения империи с полумиллионом человек, каковые надлежало «привесть в должное устройство».
«Неусыпные труды мои не остались без наград», – не без удовлетворения скажет Карл Иванович. И действительно, в 1798 году ему сверх жалованья была определена пенсия 2000 рублей в год. В 1799 году он получает орден св. Анны 1 – й степени; наконец, в 1800 году – высокий чин тайного советника.
Новый император Александр I сразу же привлек Габлица к работе Комитета по устройству Новороссийских губерний. А в июле 1802 года Карла Ивановича командируют в Поволжье инспектировать иностранные колонии. Габлиц предложил дать поселенцам угодья и лес, выделить им пособие для заведения фабрик, усилить надзор за их нравственностью (для чего открыть смирительные дома), «преобразить и улучшить местное начальство». Император остался доволен инспекцией Габлица и в своем указе 19 декабря 1802 года учел все его предложения. Он пригласил тайного советника к монаршему столу, имел с ним беседу и пожаловал Карлу Ивановичу столовые деньги 300 рублей в месяц. Не было такой порученной ему должности, на коей наш герой не проявил бы свои таланты.
В декабре 1802 года его назначают президентом Мануфактур-коллегии, а в 1803 году одновременно управляющим Экспедиции государственного хозяйства и Лесного департамента в звании главного директора государственных лесов. Заслуги Габлица в развитии лесного дела России еще недостаточно оценены. Между тем именно по его инициативе в Царском селе в 1803 году открылось Практическое лесное училище, ставшее первым высшим учебным заведением по лесоводству не только в России, но и в Европе (где подобное откроется только в 1814 году, в Австрии). Именно Габлиц разработал Устав и Положение об училище. По инициативе Габлица «для научения людей в лесоводственных науках» в 1804 году было открыто лесное училище и в городе Козельске Калужской губернии.
Он пекся не только о подготовке российских лесных чиновников, но и добивался сбережения природных богатств, «усугубив лесную стражу в важнейших местах». В то же время и о народе помышлял – отменил нелепые ограничения отпуска древесины крестьянам на их нужды. Между прочим, при Габлице лесные доходы империи увеличились втрое! Когда министр финансов А. И. Васильев доложил об этом императору, тот пожаловал главного лесовода орденом св. Владимира 2-й степени и мызой в Виленской губернии с годовым доходом 1500 рублей.
Непризнание выдающегося вклада Габлица в русское лесоводство труднообъяснимо, хотя и при жизни предпринимались попытки замолчать его достижения. Показательно, что в 1809 году сразу же после увольнения Карла Ивановича от управления отраслью, выходит книга П. В. Дивова «Краткое руководство к сбережению и поправлению лесов в Российском государстве», где скрупулезно и с придыханием перечисляются все мало-мальски отличившиеся на сем поприще натуралисты и географы, все – кроме Карла Габлица!
«Чрезмерные труды» и «беспрестанное напряжение телесных и душевных сил» отразились на здоровье тайного советника, и без того не богатырском. Император почел за благо освободить Габлица от непосильных тягот, сделав его обязанности по преимуществу представительскими. Карл Иванович уже не столько служит, сколько участвует, состоит, присутствует. Однако даже эти должности были не синекурой: он и теперь истово отдается делу, ибо не умеет иначе, и «по долговременной своей опытности и знанию» приносит неоценимую пользу. В ознаменование заслуг перед Отечеством в 1810 году Габлиц получил бриллиантовые знаки к ордену св. Анны 1 – й степени.