А между тем на оккупированных территориях происходила неслыханная трагедия. Впервые в истории уничтожение мирного населения какой-либо национальности ставилось целью войны. Задолго до войны, 30 января 1939 г., Гитлер говорил, что «результатом войны будет… уничтожение еврейской расы в Европе». Впоследствии эта идея была сформулирована в ряде директив и приказов военачальников разных уровней. В п. 2b директивы № 21 Верховного командования вермахта от 13 марта 1941 г. (план Барбаросса) говорилось: «…В районе боевых действий рейхсфюрер СС получает от фюрера специальные задачи по подготовке политического управления, которые вытекают из тотальной борьбы двух противоположных политических систем». 22 июня 1941 г. Геббельс зачитал по радио декларацию Гитлера: «Ныне наступил тот час, когда необходимо выступить против заговора еврейско-англо-саксонских поджигателей войны и точно также против еврейских властителей большевистского московского центра». 2 июля 1941 г. Гейдрих, начальник Главного управления имперской безопасности, второй после Гиммлера человек в иерархии СС, скрывавший свое еврейское происхождение, издал директиву: «…Подлежат экзекуции: сотрудники Коминтерна, народные комиссары, евреи». На Гейдриха было возложено «окончательное решение еврейского вопроса». Командующие армиями издавали приказы такого типа: «Важнейшей целью похода против еврейско-большевистской системы является полный разгром и искоренение азиатского влияния на сферу европейской культуры». Сам Гитлер считал, что его империя будет продолжена до Урала. На этом пространстве оружие мог бы иметь только немец, но «не славянин, не чех, не казак и не украинец». Он неоднократно повторял, что Москва и Ленинград должны быть уничтожены и сравнены с землей (202). В завоевательном походе на Восток Гитлер отделял русских от евреев. Если евреи подлежали уничтожению, то русские должны были стать рабами. Он считал, что европейская культура на русской почве не дала никаких достойных плодов, кроме духовного анархизма. «Самое лучшее было бы, если бы люди освоили там только язык жестов. По радио для общины передавали бы то, что ей полезно: музыку в неограниченном количестве».
Эта идея Гитлера от 2.03.1942 г. ужесточала меморандум Гиммлера «Об обращении с инородцами на Востоке», датированный маем 1940 г.: «Для ненемецкого населения Востока не должно быть обучения выше, чем четырехклассная народная школа. В этой народной школе должны учить лишь простому счету до пятисот, написанию своего имени и тому, что Господь Бог требует слушаться немцев. Умение читать я считаю излишним» (203). Из директив командования вермахта и приведенных текстов определялась цель войны: завоевание жизненного пространства, уничтожение еврейско-большевистской системы, уничтожение евреев и тех русских, кто сопротивляется вторжению, порабощение славян. А у рабов не бывает государства. Нацисты с самого начала придали войне расовый характер. Для Гитлера и его соратников это была Великая Расовая война. Волею судеб русские и евреи оказались союзниками перед лицом смертельной угрозы.
Неожиданно для немцев расовая война началась с того, что население Прибалтики, Западной Украины и Западной Белоруссии встретило их цветами и хлебом-солью как освободителей от большевистского ига. Об этом свидетельствуют кадры немецкой кинохроники и рапорты офицеров. Сейчас трудно сказать, какая часть населения этих областей так выразила свое отношение к новым освободителям. Здесь неизбежно сказались чистки, проведенные НКВД, депортация части населения в Сибирь и обнаружение массовых захоронений. Сразу после вторжения началось истребление евреев. В некоторых районах, в местечках и деревнях убийство евреев совершалось почти без участия немцев силами добровольцев и полиции. Без активной помощи добровольцев немецкие власти не смогли бы разыскать, опознать и уничтожить всех евреев на оккупированных территориях. Как и в гражданскую войну, евреи объявлялись пробольшевистски настроенными элементами.
Для уничтожения евреев немцы создали 4 оперативных группы — айнзацгруппы СС (Einsatzgruppen SS) — под командованием Гейдриха. Численность групп составляла от 500 до 900 человек. Из соображений секретности айнзацгруппы СС получали приказы устно. Перед началом вторжения Гейдрих поставил командирам групп задачу фюрера: уничтожить всех евреев на территории СССР и руководящий состав ВКП(б). Айнзацгруппа А действовала в Прибалтике и в направлении Ленинграда; группа В — в Белоруссии и в направлении Москвы; группа С — на Украине и в направлении Киева; Группа D в Молдавии, на юге Украины, в Крыму и на Кавказе. В дополнение к айнзацгруппам для очистки белорусского Полесья от евреев были также сформированы отдельные бригады Ваффен СС (Waffen SS). Айнзацгруппы СС действовали в тылу армий немецких фронтов Север, Центр, Юг и подчинялись тыловым начальникам СС и полиции.