Весной 1648 года казацкий сотник Богдан Хмельницкий заручился поддержкой крымских татар‚ собрал запорожских казаков‚ которые провозгласили его атаманом‚ и двинулся на поляков. Совместное казацко-татарское войско победило поляков при Желтых Водах и у Корсуни‚ и восстание охватило восточное Приднепровье. Отряды крестьян‚ горожан и казаков под предводительством атаманов Кривоноса‚ Гани‚ Морозенко‚ Тимофея Хмельницкого‚ старшего сына Богдана‚ громили польские поместья‚ убивали без пощады католиков и евреев‚ уничтожали костелы и синагоги. Даже «православные ремесленники и торговцы‚ гибли за то единственно‚ что носили польское платье‚ и не один щеголь заплатил жизнью за то‚ что по польскому обычаю подбривал себе голову».
Евреи были для восставших польскими ставленниками‚ и расправы сопровождались чудовищными зверствами. Еврейский летописец Натан Ганновер свидетельствовал: «С одних сдирали кожу заживо‚ а тело кидали собакам; другим наносили тяжелые раны‚ бросали на дорогу и проезжали по ним на телегах… Грудных младенцев резали на руках матерей‚ а многих рубили на куски, как рыбу. Беременным женщинам распарывали животы‚ вынимали плод и хлестали им по лицу матери‚ а иным в распоротый живот зашивали живую кошку и обрубали им руки‚ чтобы не могли вытащить кошку. Иных детей прокалывали пикой‚ жарили на огне и подносили матерям‚ чтобы отведали их мяса. Иногда сваливали кучи еврейских детей и делали из них переправы через речки… Татары же брали евреев в плен; жен насиловали на глазах их мужей‚ а красивых забирали в слуги или наложницы. Подобные жестокости творили повсюду‚ также над поляками‚ в особенности над их ксендзами».
Русский историк девятнадцатого века Н. Костомаров: «Самое ужасное остервенение показывал народ к иудеям: они осуждены были на конечное истребление‚ и всякая жалость к ним считалась изменою. Свитки Закона были извлекаемы из синагог: казаки плясали на них и пили водку‚ потом клали на них иудеев и резали без милосердия; тысячи иудейских младенцев были бросаемы в колодцы и засыпаемы землею… В одном месте казаки резали иудейских младенцев и перед глазами их родителей рассматривали внутренности зарезанных‚ насмехаясь над обычным у евреев разделением мяса на кошер (что можно есть) и треф (чего нельзя есть)‚ и об одних говорили: это кошер – ешьте‚ а о других: это треф – бросайте собакам!»
Спасти могло только принятие православия‚ однако евреи – в массе своей – шли на мученическую смерть‚ но не соглашались изменить вере отцов. Десятки городов стали местом их гибели: Переяслав‚ Пирятин‚ Лохвица‚ Лубны‚ Немиров‚ Тульчин‚ Полонное‚ Заславль‚ Острог‚ Бар‚ Кременец, многие‚ многие другие. Бывало порой так‚ что с одной стороны город осаждали казаки‚ с другой – татары‚ и евреи убегали к татарам‚ чтобы не попасть в руки к казакам‚ а те брали их в плен и отправляли в Стамбул. Евреи Стамбула‚ Салоник‚ Венеции, Рима и других общин собирали для спасения пленных большие суммы денег и выкупали несчастных.
С восточного берега Днепра восстание перекинулось в Центральную Украину‚ к Киеву‚ а затем и в Западную Украину‚ на Волынь и Подолию. Боясь оставаться в деревнях и местечках‚ евреи убегали в укрепленные города и попадали там в ловушку. В городе Баре‚ в Подолии‚ было 600 еврейских семей‚ и туда из окрестных мест сбежались еще многие. Несмотря на совместное сопротивление поляков и евреев‚ казаки сделали подкоп‚ взяли город‚ и атаман Кривонос «со всех жидов живьем шкуры посдирал». В южнорусской летописи сказано об этом более конкретно: «Кривонос‚ Хмельницкого советник‚ у Батурина (в Баре) ляхов да жидов больше пятнадцати тысяч выколол».
В городе Полонном евреи укрылись за стенами города и вместе с поляками защищались двое суток. Но из-за измены панских слуг казаки ворвались в город и истребили евреев: кровь лилась потоками по улицам. Известный кабалист рабби Шимшон и с ним 300 евреев вошли в синагогу‚ надели на себя саваны, с молитвой встретили смерть. Это произошло в июле 1648 года, и Натан Ганновер отметил в исторической хронике «Пучина бездонная»: «Был между ними муж разумный и проницательный‚ ученый кабалист по имени Шимшон из Острополя‚ к которому ежедневно являлся ангел-посланец и обучал его тайной мудрости… Сказал ангел-посланец Шимшону задолго до катастрофы‚ чтобы евреи взяли на себя великое покаяние‚ дабы смягчить роковой приговор неба. И проповедовал он много раз в синагоге‚ призывая народ к покаянию‚ – и действительно было великое покаяние‚ но оно не помогло‚ ибо приговор был уже подписан».