А восстание охватило уже часть Белоруссии и Литвы. В Чернигове была уничтожена вся еврейская община‚ затем в Стародубе‚ откуда казаки пошли на Гомель. В этом белорусском городе «враги совершили страшное избиение; били несчастных кольями‚ чтобы медленно умирали. Кучами падали мужья‚ жены‚ дети. И не было им погребения‚ псы и свиньи поедали валявшиеся трупы». По официальным донесениям в Гомеле «было побито жидов с женами и детьми больше двух тысяч‚ а ляхов с шестьсот человек; из белоруссов же никого не побили и не грабили». По местным преданиям, из всей гомельской общины спаслась только одна еврейка‚ родоначальница семьи Бабушкиных. Убивали евреев в Пинске, Бресте и Борисове, Пирятине и Лубнах, в городах и деревнях.
Осенью 1648 года отряды казаков и татар стали совершать набеги на внутреннюю Польшу. Шляхта и евреи спасались в укрепленных городах; общий враг сплотил их‚ и даже мещане-католики забыли на время свою вражду к конкурентам-евреям. Сообща сражались‚ сообща переносили все тяготы осады и вели переговоры с неприятелем. Осадив Львов‚ Хмельницкий пообещал пощадить город‚ если ему выдадут евреев. Магистрат ответил ему‚ что не вправе распоряжаться евреями‚ которые подвластны королю и несут службу наравне с мещанами‚ не уступая им в мужестве. Кончилось тем‚ что Хмельницкий снял осаду‚ получив контрибуцию со всего населения‚ и евреям пришлось для этого продать ценную утварь из синагог. Летописец отметил: «Так была обобрана святая община Львова и уподобилась пруду, из которого выужена вся рыба».
В Белограе‚ Грубешове и Томашове казацкие отряды вырезали всех евреев‚ и в еврейском сочинении «Тяготы времен» сказано: «В Томашове сидели еврейские мальчики за одним столом и учились по своим книжкам; враги придавили их столом к стене‚ так что ни один не остался в живых». Типичная картина того времени определена фразой в письме поляка: «Жиды все вырезаны‚ дворы и корчмы сожжены».
Летом 1649 года на границе Волыни и Галиции стояли друг против друга огромные армии: польская и украинско-татарская. Казаки одолевали‚ чуть было не забрали в плен короля Яна Казимира‚ но татарский хан неожиданно перешел на сторону поляков. После этого Богдан Хмельницкий вынужден был согласиться на ограниченные условия Зборовского договора‚ по которому из состава Польского королевства выделили казацкую Украину с территориями Киевского‚ Черниговского и Брацлавского воеводств. Эта часть Украины признавалась автономной‚ охранялась казацкими войсками‚ управлялась православными чиновниками‚ а иезуитам и евреям запрещалось там жить. В договоре было сказано‚ что евреи не могут быть «ни владетелями‚ ни откупщиками‚ ни жителями в украинских городах‚ где казаки имеют свои полки… А которые жиды объявятся за Днепром‚ тех жидов в запорожском войске грабить и отпускать назад за Днепр».
С заключением мира жизнь стала на время спокойной. Беглецы возвращались на старые места‚ но не было уже их домов‚ а был голод‚ болезни‚ эпидемии, от которых умирали во множестве; нищие бродили толпами по дорогам, даже «прежние благодетели поступали в услужение»‚ чтобы заработать на кусок хлеба. Король Ян Казимир разрешил евреям‚ насильно обращенным в православную веру‚ вернуться к вере отцов. Еврейские женщины‚ силой повенчанные с казаками‚ убегали от них и возвращались к своим семьям. Родители разыскивали сыновей и дочерей, насильно окрещенных, и забирали их у христиан; жены разыскивали мужей‚ не зная‚ погибли они или проданы в рабство. Коронный Ваад обсуждал вопрос о судьбе жен пропавших без вести и принял постановление‚ облегчающее их участь‚ чтобы эти женщины могли выйти замуж.
В знак траура по мученикам Ваад запретил в течение трех лет носить шелковую‚ бархатную и шитую золотом одежду, украшать себя «золотыми цепочками и ожерельями из жемчуга», не разрешил, чтобы в еврейских домах звучала музыка – даже «для увеселения» жениха и невесты. Во всех общинах Польши и Литвы был установлен ежегодный пост с траурным богослужением в день резни в Немирове – двадцатого числа месяца сиван по еврейскому календарю. (Этот день совпал с постом давних времен – в память евреев французского города Блуа, которых обвинили в ритуальном убийстве и сожгли в 1171 году.)
Вскоре между польским войском и казацко-татарскими отрядами произошло крупное столкновение. На стороне поляков сражался еврейский отряд в 1000 человек; поляки победили‚ и по договору 1651 года евреям снова разрешили селиться на казацкой Украине‚ территория которой была уменьшена: «Жиды как и прежде были жителями и арендаторами в имениях королевских и шляхетских‚ так и ныне должны быть». Часть казаков ушла за Днепр‚ в пределы Московского государства‚ где возникли казацкие слободы – Харьков‚ Сумы и другие‚ составившие Слободскую Украину.
Богдан Хмельницкий пытался сохранить автономную территорию‚ но в 1654 году отдал себя под защиту русского царя Алексея Михайловича‚ и под власть России отошла казацкая Украина. Тут же началась война между Москвой и польско-литовским государством‚ а с ней новые несчастья.