В самом деле: если в начале этой эпохи, в первые десятилетия XVII в., идут ожесточенные религиозные споры, втягивающие Европу в Тридцатилетнюю войну, а в Англии под религиозными же лозунгами совершается революция; если европейский мир кишит разнообразнейшего толка религиозными сектами и ересями, а человек на первое место в своих исканиях ставит отношение к Богу, проблемы личного греха, спасения и стяжания благодати, то уже к концу XVII в. и особенно в XVIII в. человек словно бы отдаляет Бога от себя, начинает больше доверять собственному разуму и данным науки. На смену ощущению постоянного присутствия Бога в жизни каждой отдельной личности приходит деизм, признающий невмешательство Бога в дела человеческие после акта творения; на смену пламенной вере — стремление к личному рационализированному благочестию.
Вызванный Реформацией раскол западной ветви христианства изменил религиозную карту Европы. Наряду с западной (римско-католической) и восточной (греко-православной) появилась северная (протестантская) церковь. Безраздельно господствовавшая в Западной Европе римско-католическая церковь была вынуждена уступать место молодым протестантским церквам, в кровопролитных войнах завоевавшим право на существование и независимое развитие.
Новые конфессиональные границы европейского христианского мира еще не стали стабильными, они были еще нечетки и подвижны. Относительная определенность была достигнута лишь после окончания Тридцатилетней войны и подписания системы Вестфальских мирных договоров 1648 г.
Религиозные аспекты Вестфальского мира обсуждались в Оснабрюке, где в 1648 г. был подписан договор, имевший большое значение для дальнейших судеб христианских церквей не только в Германии, но и в Европе. Этим документом была провозглашена общая религиозная амнистия и реституция (возвращение) секуляризованного церковного имущества участвовавших в войне стран на состояние 1618 г. Соответственно восстанавливались и церковные владения противоборствовавших сторон. Были подтверждены решения Аугсбургского религиозного мира, которыми было дано юридическое право на существование лютеранской конфессии. Вестфальский мир официально закрепил право на существование еще одной протестантской конфессии — кальвинистской, или реформатской.
Система Вестфальских договоров гарантировала всем подданным империи возможность сохранять и исповедовать свою веру. Если правитель переходил из одного вероисповедания в другое, он имел право ввести его при своем дворе, а также разрешить новое богослужение перешедшим вместе с ним в новую конфессию христианским общинам. Однако правитель должен был оставить неприкосновенным церковное устройство страны в целом.
Эти новшества вызывали недовольство у римских пап, глав некоторых католических государств и представителей католической иерархии. Папа Иннокентий X (1644–1655) выступил с протестом и осуждением религиозных аспектов Вестфальского договора. В посвященной этому булле «Zelo domus dei» он объявил договор «недействительным и ничтожным», но никаких политических последствий этот демарш папы не имел.
Оценка роли и места католической церкви в Европе должна быть далеко не однозначной. Кризисные явления и утрата католицизмом своих позиций были лишь одной из сторон вопроса. Одновременно велась огромная работа по обновлению различных сфер церковной жизни, претерпевавшей период качественных изменений. Католицизм оборонялся при помощи католической реформы и Контрреформации. Религия, политика и экономика были здесь настолько тесно и сложно переплетены, что разделить их иногда просто невозможно. Католицизм использовал в ходе Контрреформации такие методы, как инквизиция, ужесточение цензуры и публикация «Индекса запрещенных книг», апелляция к светским католическим правителям, издание апологетических трудов, совершенствование методов пропаганды. Бесспорным лидером и движущей силой Контрреформации стал созданный в 1540 г. орден иезуитов. Одним из аспектов Контрреформации была миссионерская деятельность католиков за пределами европейского континента. С этой целью в 1622 г. была создана Конгрегация пропаганды веры. Это «министерство по делам миссий» с самого начала планировало свою деятельность в масштабах всего мира.