Одновременно с Контрреформацией римско-католическая церковь проводила католическую реформу, центральное место в которой занимает Тридентский собор 1545–1563 гг. Его участникам удалось выработать целый ряд новых догматических положений и определений, уточнить и скорректировать уже существовавшие формулировки. На решения собора значительное влияние оказывала протестантская реформация, поэтому они отмечены антипротестантской направленностью. Собор осудил протестантские учения об оправдании одной верой и о Священном писании как единственном источнике истины. Были осуждены предложения об отказе от целибата (безбрачия) священников, о причастии под двумя видами и т. д. Некоторые новые элементы церковной практики были осуждены лишь потому, что они использовались протестантами: например, богослужение на национальном языке. Собором были приняты решения об укреплении церковной дисциплины, о регламентировании и унификации литургии, о развитии теологических исследований, о цензуре и повышении эффективности пропаганды, о евангелизации и миссионерской деятельности. Одним из решений, имевшим далеко идущие последствия для церкви, было решение о создании сети новых учебных заведений и систематической подготовке кадров священников.
Принятая собором программа реформы римско-католической церкви была столь широкой, а трудности ее претворения в жизнь столь большими, что ее реализация продолжалась еще в XVIII в. После разработки правил реализация декретов и решений собора были опубликованы «Римский катехизис», «Римский бревиарий» (служебник католического духовенства) и «Римский миссал» (тексты для мессы, молитвы и песнопения). Был утвержден единый текст для мессы и запрещены любые формы литургии, использовавшиеся в католической церкви менее 200 лет. Папа Григорий XIII (1572–1585) реформировал календарь, использовав данные астрономии, и перешел с юлианского на григорианский стиль.
Практическая реализация решений собора в отдельных странах во многом зависела от желания и интересов их правителей, поэтому она протекала везде по-разному. Разбуженные и экзальтированные Реформацией антипапистские, антиримские тенденции усиливались действиями монархов. Европейские государи стремились добиться максимальной независимости от Рима. Так, во Франция решения Тридентского собора даже опубликованы были лишь в XVII в.
История католической церкви Франции показывает, насколько сложны и противоречивы были отношения между папой, королем, французским епископатом и светскими властями. При Людовике XIV своего апогея достигло религиозно-светское движение галликанства, уходившее корнями в XIII в. Его сторонники добивались особого статуса французской церкви в рамках католической церкви и доказывали свои права на бблыпую автономию по отношению к папе. Существовали политическое (королевское и парламентское) и церковное (епископское) галликанство. Иногда политическое и церковное направления объединялись (если, например, Людовик XIV ссорился с папой), иногда разделялись (если Людовик XIV искал себе поддержку в духовном авторитете папы). По настоянию Кольбера епископом Боссюэ была составлена четырехстатейная Декларация галликанского духовенства, в первой статье которой подтверждалась независимость королей в светских делах от церковной юрисдикция. Во второй статье напоминалось о том, что, согласно декретам собора в Констанце, над авторитетом папы стоит авторитет вселенского собора. В третьей — подтверждалась значимость традиционных свобод и канонов галликанской церкви. Четвертая статья определяла, что декреты римского папы по вопросам веры вступают в силу лишь после их одобрения французской церковью. В 1682 г. «Декларация 4-х статей» была одобрена и принята Национальной ассамблеей французского духовенства. Людовик XIV встал на защиту своих прелатов. Папа Иннокентий XI не мог одобрить притязания французской церкви, но не стал и официально осуждать декларацию из-за боязни вызвать раскол. Папа в ответ отказался утвердить назначенных Людовиком XIV 35 галликанских епископов. В результате конфликта все эти епархии несколько лет оставались без утвержденных Римом прелатов, пока король не отступил, заверив папу, что галликанская декларация не будет применяться на практике.
Людовик XIV, действуя по принципу «Один Бог, один король, один закон, одна вера», при активной поддержке католического духовенства стал все более ограничительно толковать Нантский эдикт для того, чтобы заставить протестантов принять католицизм. Жесткие репрессивно-ограничительные меры вынудили многих протестантов превратиться в «новых католиков». В 1685 г. Людовик XIV, принимая желаемое за действительное, счел, что протестантов во Франции уже нет, и отменил Нантский эдикт, предписав своим подданным исповедовать только католическую веру.