Вскоре началось еще одно судебное разбирательство — иезуитов обвинили в том, что их внутренние правила противоречат законам Франции, что в своих трудах и в учебных заведениях они распространяют пагубные для Франции идеи. В 1761 г. некоторые книги иезуитов были запрещены, французским подданным запретили вступать в орден, а самим иезуитам — вести преподавательскую деятельность. Однако король приостановил вступление в силу этого приговора на один год.
Попытки иезуитов и их сторонников использовать передышку были безуспешны. В 1762 г. в Руане вынесли первый приговор об упразднении ордена иезуитов: их обвинили в пропаганде извращенной морали и доктрины, в том, что они создают государство в государстве. Другие провинциальные парламенты высказались менее радикально — орден был запрещен не везде. Окончательное решение было за королевским советом. Людовик XV долго колебался, нов 1764 г. подписал эдикт о запрете «Общества Иисуса» во Франции. После этого конгрегация иезуитов во Франции распалась, хотя они и не были высланы из страны. Иезуитам было разрешено вести ограниченную проповедническую деятельность под надзором местного епископа галликанской церкви.
После того как орден потерял французскую и португальскую ветви, папа Климент XIII в булле «Apostolicum pescendi» от 1765 г. дал обществу новую апробацию и попытался опровергнуть выдвигавшиеся против иезуитов обвинения. Стремление папы спасти орден успеха не имело. Против «Общества Иисуса» выступила даже католическая Испания, где Карл III ограничил сферу активности иезуитов как в самой стране, так и в ее американских колониях. Они были смещены с высоких должностей, а два года спустя, в 1767 г., все иезуиты были арестованы и депортированы в Папскую область. Уже затем был издан ордонанс о запрете ордена. Аналогичные действия были предприняты в Неаполе сыном Карла III Фердинандом IV. В 1768 г. под предлогом столкновения с папским престолом из-за предпринятых церковных реформ герцог Пармский, внук Людовика XV и племянник испанского короля Карла III, изгнал орден из своих владений.
В ответ на эти действия папа Климент XIII направил представителям Бурбонской династии увещевательное послание, которое их возмутило. Поскольку герцог Пармский был вассалом папы, Климент XIII объявил о лишении его власти, что еще более раззадорило Бурбонов. Франция и Неаполь перешли к активным наступательным действиям, напав непосредственно на папские владения: Франция заняла Авиньон, Неаполь начал осаду Понтекорво и Беневенто.
После смерти Климента ХIII Франция и Испания постарались посадить в Риме послушного им первосвященника. Еще на конклаве францисканец Ганганелли, избравший после вступления на папский престол имя Климента XIV, передал испанскому кардиналу записку, в которой писал, что с точки зрения канонического права упразднение иезуитского ордена возможно, отметив, что мир папского престола с европейскими державами дороже ордена иезуитов. Вскоре после избрания Климент XIV дал более определенные обещания на этот счет, но с принятием решения медлил. Его попытки умилостивить Бурбонов потерпели провал, и в 1773 г. опубликованием бреве «Dominus ас redemptor» Климент XIV упразднил орден.
Иезуитам предписывалось перейти в другие ордена, либо подчиниться местным церковным властям и по предписанию епископа отправиться в любое назначенное им место для выполнения пастырских обязанностей. По требованию европейских государей, генерал ордена иезуитов Риччи, его помощники и некоторые члены ордена были арестованы с целью воспрепятствовать возможным попыткам восстановить орден. Большинство иезуитов подчинилось решению папы. После этого орден просуществовал еще три года в Польше и в прусской Силезии под защитой Екатерины II и Фридриха II. Новый папа Пий VI (1775–1799) благосклонно закрывал на это глаза. В 1775 г., после смерти Риччи, судебный процесс, начатый против арестованных иезуитов, был прекращен.
Упразднение ордена иезуитов было результатом объединенных усилий прежде всего глав католических европейских держав. «Просвещенные» монархи навязали свою волю переживавшему период упадка политического влияния папскому престолу. Папство показало себя полностью зависимым от европейских правителей, во имя мира с которыми глава римско-католической церкви пожертвовал своим самым действенным орудием и самой надежной опорой.
Ограничивалась деятельность и других религиозных орденов. Во Франции по указу короля в 1766 г. была сформирована комиссия для проведения монастырской реформы. Орденам запретили иметь более двух зданий в Париже и более одного в других городах. Пострижение в монашество разрешили лишь с 21 года мужчинам и с 18 лет женщинам; каждому монастырю был установлен лимит численности, прием новых лиц сверх этого количества запрещался под угрозой закрытия монастыря. Если же число монахов было меньше нормы, монастырь закрывали. В результате во Франции за 12 лет прекратили действовать 9 религиозных обществ, в том числе сервиты, целестинцы и антониты. В следующие 20 лет были закрыты 386 монастырей.