Развитие системы религиозного образования не успевало за развитием гуманитарных и естественных наук. Между наукой и теологией начали возникать все более частые конфликты. Традиционная библеистика столкнулась с результатами библейских научных исследований. Множились переводы и комментарии Библии, развивалась критическая экзегетика. Французский ораторианец Р. Симон (1638–1712) в «Критической истории Ветхого завета» и других работах убедительно показал, что Моисей не мог быть единственным автором Пятикнижия. Интересно, что именно Боссюэ добился осуждения его критической истории Библии и исключения Симона из ордена.
Была развернута большая работа по научному изучению теологических источников. Бельгийский иезуит ван Болланд начал систематическую публикацию житий святых. На этой основе было создано Общество болландистов. Бенедиктинцы Конгрегации св. Мавра (мавристы) в своем аббатстве Сен-Жермен-де-Пре публиковали многочисленные труды отцов церкви и источники по истории французской церкви. Яркой фигурой среди мавристов был один из основоположников латинской палеографии и дипломатики, Жан Мабильон (1632–1707).
Была централизована и структурирована благотворительная деятельность католической церкви. Уходу за больными, развитию христианского образования и воспитанию нравов в христианском духе посвятили свою деятельность такие религиозные общества, как «Сестры милосердия», «Братья христианских школ», «Сестры убежища», салезианки.
Католическая литература в XVII и XVIII вв. в связи со спорами с протестантами и многочисленными ересями носила преимущественно полемический характер. Среди ярких полемистов и апологетов католической церкви XVII в. можно назвать иезуита кардинала Беллармина и епископа Боссюэ. Широкую известность получили блестящие проповеди и выступления Боссюэ, иезуита Бурдалу, архиепископа Фенелона, епископов Флешье и Масильона.
В XVIII в. усилия католической церкви по обновлению религиозной жизни помогли ей выдержать атаки Просвещения, когда французские философы и энциклопедисты противопоставили Разум Откровению и призвали к прогрессивному развитию человечества на основе естественных законов. Христианская догма контрастировала с разумом и рациональностью природы, отказываясь следовать законам природы христианство становилось помехой и вызывало резкую критику.
Век Просвещения способствовал новому отношению к религии. Этому активно содействовали просветительская философия, развитие естественных и гуманитарных наук. Религиозное сознание уступало место светскому: разум брал верх над откровением, набирали силу антиклерикальные тенденции, рождались новые, светские формы духовной жизни. Во многих европейских странах отмечалось падение религиозной активности. Этому во многом способствовало и то, что католическая церковь не вырабатывала собственный подход к актуальным проблемам социально-экономической и политической жизни общества. Наблюдались упадок деятельности католических братств, обществ и орденов, пренебрежение принципами христианской морали, отказ от чтения религиозной литературы и участия в благотворительной деятельности.
Однако идеалы Просвещения способствовали и позитивным изменениям в католицизме. Во Франции вышел в свет «Философский катехизис» и «Катехизис гармонии между разумом и религией». В Германии влияние Просвещения привело к развитию веротерпимости и диалога с протестантами. Были подготовлены катехизисы, которые могли использоваться как католиками, так и протестантами.
В целом во второй половине XVIII в. прогресс в плане достижения большей веротерпимости стал характерен для многих европейских стран. В Силезии Фридрих II в 1742 г. уравнял в правах католическую и протестантскую церкви. В Австрии Иосиф II в 1781 г. эдиктом о веротерпимости предоставил протестантам свободу отправления культа и полные гражданские права.
Во Франции положение протестантов после отмены Нантского эдикта оставалось тяжелым. Действовали жесткие меры против протестантов в сфере гражданского законодательства. Лишь при Людовике XVI практика применения законодательных ограничений была значительно смягчена, и в 1787 г. был издан эдикт о предоставлении протестантам тех гражданских прав, которых они были лишены целое столетие. Правда некоторые ограничения еще не были сняты.