Англиканские священники и епископы развернули с церковных кафедр широкую пропаганду против пуритан. Распространение пуританской литературы запрещалось. Шпионы выслеживали тайных нонконформистов; по доносу на них налагались огромные штрафы. Религиозные собрания пуританских сект разгонялись с неистовой жестокостью: проповедников и их слушателей побивали камнями, тащили в тюрьмы, выслеживали, штрафовали. На пуританскую литературу королевской цензурой были наложены запреты. Правда, полностью к дореволюционному господству англиканская церковь не вернулась: она не оперировала больше судом Высокой комиссии, епископы не занимали ведущих государственных должностей. Однако свое доминирующее положение в стране и статус государственной церкви англиканство сохранило и после «славной революции».
Лютеранская церковь с начала XVII в. переживала то, что исследователи называют периодом ортодоксии, разрабатывая и оттачивая свою конфессиональную теологию. Библия для лютеран являлась главным фокусом и единственным источником их вероучения. Поскольку сам Лютер, подчеркивая абсолютный авторитет Писания, не развил теории его происхождения и инспирации, лютеранские теологи XVII в. сосредоточились именно на этих вопросах. При этом они отнюдь не отвергали аристотелевой метафизики, господствовавшей в теологической мысли средних веков. Более того, они попытались применить к изучению Библии аристотелианский принцип различения между материей и формой. Они полагали, что материей в Библии является сам ее текст, состоящий из букв, слов и предложений; формой же — смысл текста, те идеи, которые Бог хотел через нее сообщить человеку. При этом они подчеркивали, что, хотя различие между физическим текстом Писания и спиритуальным Словом Божьим существует, реального разделения между ними не происходит.
Текст Писания вдохновлен Святым Духом; но это не результат индивидуального откровения пророков или апостолов. Это влияние Святого Духа, связанное именно с написанием священного текста; оно действовало только в тот момент, пока Слово писалось; вне этого акта писавший его не являлся носителем или восприемником Святого Духа. Этот последний тезис был специально направлен против католической доктрины, утверждавшей, что Святой Дух, сошедший на апостолов, передавался от них церковным иерархам.
Богодухновенность Писания, считали лютеранские теологи, является полной и буквальной; каждое слово в Библии прямо продиктовано Святым Духом, хотя оно и носит отпечаток индивидуальности писавшего. С течением времени буквалистские тенденции в сочинениях лютеранских богословов становились все более определенными.
Стараясь защитить свое учение от настойчивых попыток (проявившихся особенно в конце XVII в.) научно-критического изучения Библии, лютеранские теологи утверждали, что теология не наука, а вероучение. Ее главный объект не вето иной, как сам Христос, которого познать можно только верой, а ее основная цель — достижение спасения души через веру и благочестие. Они решительно отвергали всякие попытки объявить теологию теоретической дисциплиной, которую каждый, даже неверующий, может изучать из простого любопытства. Кроме того, им пришлось обороняться и от социнианского рационализма (о социнианах в XVII в. будет сказано ниже), принимавшего в Писании только то, что подвластно исследованию разума. В этом учении лютеранам виделась страшная угроза отрицания богодухновенности Слова Божия и превращения разума в главного арбитра в вопросах веры. Отвечая на эту угрозу, лютеранские богословы постоянно подчеркивали, что в основе всех утверждений Библии лежит откровение и что критиковать их — значит впадать в грех гордыни.
Такой путь развития лютеранского богословия, господствовавшего в германских университетах, получил название «протестантская схоластика», тем более что лютеранские теологи, подобно своим врагам — иезуитам, широко использовали аристотелианскую метафизику и далеко отошли от первоначальной свежести, искренности и свободы учения самого Лютера. Попытка систематизации и детализации всех доктрин и постулатов вероучения омертвляла его, делала сухим и догматическим. Она, однако, помогла значительной части европейских христиан сохранить свою веру в последующий век рационализма, религиозного индифферентизма и деизма.