Не меньшее значение, чем лютеранская церковь, имела в Европе XVII в. кальвинистская, или реформатская, церковь, которая тоже претерпела существенные изменения. Ее зачинателями в XVI в. были швейцарские реформаторы Цвнигли и Кальвин, разработавшие теологию предопределения — божественного избранничества и предназначения ко спасению и вечной жизни одних (немногих) и извечного проклятия и обреченности геенне других. В отличие от лютеран, признававших истинное присутствие тела и крови Христа в момент литургического пресуществления хлеба и вина, реформаты считали обряд причащения лишь напоминанием о Тайной вечере, знаком веры и духовного приобщения ко Христу (Христос, по учению Кальвина, лишь духовно присутствует по вере в сердцах участников этого таинства). Другим отличием доктрины кальвинизма от лютеранства было то, что кальвинисты настаивали на абсолютной греховности всех людей и полностью отвергали значение добродетели и добрых дел для спасения: для них все в человеческой судьбе было заранее предопределено непреложной божественной волей. Христос на кресте умер лишь для тех, кто избран ко спасению.
История кальвинизма в Германии в XVII в. практически совпадает со сложной политической историей страны, где он по условиям Вестфальского мира стал одним из трех государственных вероисповеданий, официально признанных в Священной Римской империи.
Во Франции кальвинистов называли гугенотами. По Нантскому эдикту 1598 г. им была дарована свобода вероисповедания, но в 1659 г. корона запретила заседания национального кальвинистского синода, а в 1685 г. Людовик XIV отменил Нантский эдикт, и около полумиллиона его подданных, принадлежавших в основном к богатым купеческим слоям, вопреки запрету, покинули страну.
В Голландии большинство протестантов были кальвинистами с середины XVI в. После того как на проходившей в 1618–1619 гг. в Дордрехте международной ассамблее кальвинистов было осуждено учение Якоба Арминия (1559–1609), отрицавшего абсолютный характер предопределения, здесь утвердилось классическое учение кальвинизма. На арминиан начались гонения. Их испытал и выдающийся голландский ученый-правовед и теолог Гуго Гроций (1583–1645), защитник терпимости и умеренности, вынужденный провести большую часть своей жизни в изгнании.
В Англии кальвинистов с XVI в. стали называть пуританами (от латинского «пурус» — чистый), т. е. сторонниками очищения церкви. Поначалу они не порывали с официальной англиканской церковью, а лишь требовали провести в ней ряд реформ: освободить от доставшихся в наследство от католицизма дорогостоящих пышных обрядов, икон, скульптур и облачений, от органной музыки, т. е. всего, что противоречило идеалу бережливости, мирского аскетизма, «дешевой церкви». Они возражали против празднования дней святых, обычая преклонять колени во время причастия, осенять себя крестом и иметь крестных, а также осуждали полновластие епископов и церковных судов. Пуританами становились в основном представители новых классов: купцы, ремесленники, мануфактуристы, адвокаты и многочисленные сельские дворяне-джентри.
Среди пуритан выделилось пресвитерианское направление, полностью отрицавшее епископат и ратовавшее за управление приходами с помощью выборных служителей — пресвитеров, а церковью в целом — путем состоящего из пресвитеров синода. Другое направление в пуританском движении, приверженцев которого называли «индепендентами» (независимыми), считало, что каждая конгрегация верующих должна быть свободна и независима от другой и от государства и избирать собственного пастора. Среди индепендентов тоже имелись различные течения и группы. Индепендентство было выражением протеста против узкой замкнутости пресвитериан: оно давало широкий простор инициативе верующих и способствовало образованию многочисленных народных сект. В индепендентские конгрегации объединялись средние слои джентри, владельцы небольших мастерских и мануфактур, мелкие лавочники, ремесленники, подмастерья, крестьяне-арендаторы.