Таким образом, на втором этапе реформы из-под управления Монастырского приказа были выведены все церковные владения окраинных епархий, в других епархиях — маловотчинные монастыри и архиерейские дома, а также «определенные» вотчины «определенных» владельцев. В итоге пределы ведомства Монастырского приказа резко сократились, в его непосредственном подчинении остались только «заопределенные» вотчины «определенных» монастырей и архиерейских домов. Если дать оценку происшедшим изменениям, то можно сказать, что на втором этапе церковной реформы правительство отступило от политики полной секуляризации церковных владений и перешло на позиции частичной их секуляризации. Главная причина такой переориентации была в том, что правительство убедилось в невозможности иметь какие-то доходы с маловотчинных духовных владельцев. Как и в первые годы реформы, оно получало теперь с церкви примерно 100 000 руб. в год.
Помимо сказанного, в это время происходит и еще одно очень важное событие. В конце второго этапа реформы Петр I приходит к мысли о необходимости реорганизации высшего управления церкви, точнее, о ликвидации патриаршества и замене его Духовной коллегией. В 1718 г. царь поручает видному церковному деятелю, псковскому архиепископу Феофану Прокоповичу подготовить особый документ, получивший название «Духовный регламент», в котором бы давалось обоснование намечавшемуся преобразованию и одновременно излагались функции и задачи нового органа высшей церковной власти.
На 1720–1721 гг. падает третий этап церковной реформы. Именно, указом от 17 августа 1720 г. закрывается Монастырский приказ, а указом 6 октября 1720 г. устанавливалось, что «заопределенные» вотчины, которыми ведал Монастырский приказ, возвращаются в управление их владельцев, но положенный с них «оклад Монастырского приказа», т. е. так называемого «заопределенные» сборы, должны поступать в государственную казну. Таким образом, с этого времени все земельные вотчины возвращались в управление их владельцев, однако часть доходов с них стала изыматься в пользу государства.
25 января 1721 г. Петр I издает манифест о ликвидации патриаршества и замене его Духовной коллегией, а также об утверждении «Духовного регламента». Духовная коллегия, как и другие коллегии этого времени, состояла из 11 членов во главе с президентом, которым стал бывший местоблюститель патриаршего престола Стефан Яворский, все остальные члены коллегии также должны были быть духовными лицами. Спустя два дня члены коллегии, как и другие государственные чиновники, приняли присягу на верность и послушание царю, признавая в нем «крайнего судию Духовной сей коллегии», т. е. свою полную зависимость от монарха. В манифесте и введении к регламенту дается обоснование реформы высшего управления церковью. Простой народ, видя честь и славу, которыми окружен патриарх, может прийти к мысли, что «есть то второй государь, самодержцу равносильный». А этим могут воспользоваться люди, замышляющие недоброе против царя. Да и сами патриархи выступали против монархов, начиная с древнейших времен и кончая «у нас бывшими замахами» (явный намек на патриарха Никона, который попытался возвыситься над царем Алексеем Михайловичем). Как видим, главной целью реорганизации было укрепление абсолютистской самодержавной власти, которая не могла терпеть «замахов» на нее со стороны патриарха и высшего духовенства, стремилась сделать церковь послушной исполнительницей воли царя.
14 февраля 1721 г., в день открытия Духовной коллегии, она была переименована Петром I в «святейший правительствующий Синод», которому было поручено и управление церковными вотчинами. Эти изменения сделали Синод, высший орган церковного управления, более представительным учреждением, чем должна была быть Духовная коллегия, и в известной степени приравнивали его к Сенату. Но, с другой стороны, Синод вскоре ставится в еще большую зависимость от царской власти. Это выразилось в том, что в 1722 г. должность президента Синода, назначаемого из духовенства, ликвидируется, и вместо него Синод должен был возглавляться обер-прокурором из офицеров. Обер-прокурор осуществлял полный контроль над Синодом и непосредственно подчинялся царю.
Синод стал высшим государственным органом по управлению делами православной церкви. Он назначал на духовные должности, истолковывал христианские догматы, вел борьбу с различного рода «ересями» и отступлениями от официального вероучения, обладал судебными правами в делах веры, брака и по некоторым преступлениям духовенства. На него возлагались также задачи по «исправлению духовного чина» с тем, чтобы поднять его авторитет и тем самым усилить идеологическое влияние церкви на народ.