Но борьба на этом не закончилась. В 1726–1730 гг. церковь приняла участие в противоборстве новой знати, возвысившейся при Петре I и выражавшей интересы основной массы дворянства, и старой родовитой аристократии, стремившейся к олигархическому правлению и ограничению абсолютистской власти. На стороне этой аристократии выступала и церковь. Вначале, при Петре II, ей удалось достичь определенных успехов. В частности, в составе Синода ведущее положение заняли представители духовенства, жаждавшие восстановления в церкви старых дореформенных порядков. Однако в борьбе, развернувшейся в начале 1730 г. в связи с избранием на престол Анны Ивановны, «верховники», стремившиеся к ограничению ее власти, и негласно поддерживавшая их церковная верхушка потерпели поражение. Вследствие этого в Синоде вновь оказались наверху сторонники петровских преобразования. Несколько позднее правительство Анны Ивановны наносит еще один удар по церкви. Воспользовавшись тем, что на церковных крестьянах накопились большие недоимки по сборам, оно обвинило в этом Синод, в 1738 г. изъяло из его ведения Коллегию экономии и передало ее в полное подчинение Сенату.
В 1741 г. на престол взошла отличавшаяся набожностью Елизавета Петровна. Идя навстречу пожеланиям духовенства, она в 1744 г. ликвидировала Коллегию экономии и управление церковными вотчинами вновь передала Синоду. Однако ей вскоре пришлось изменить свою политику. Недоимки на церковных крестьянах снова начали расти. Помимо этого, в духовных вотчинах развернулось широкое крестьянское движение. Все это, а также нужда в деньгах заставили императрицу встать на путь секуляризации церковных земельных владения. Для оправдания его она выдвинула прежний аргумент: «Дабы духовный чин не был отяпцаем мирскими попечениями». Указом от 30 сентября 1757 г. Сенату и Синоду предписывалось изменить управление церковными крестьянами, поручил его отставным офицерам. Однако духовенству удалось затормозить проведение этого указа в жизнь.
Если брать рассматриваемый период в целом, то можно считать, что в это время церковь попала в еще большую зависимость от светской самодержавной власти, хотя и всячески сопротивлялась этому. Упала роль Синода в системе государственного управлении, а в конце 50-х годов XVIII в. со всей остротой был поставлен вопрос о полной секуляризации церковных вотчин.
Наступил решающий момент в судьбах церковных земельных владений. Хотя духовенству и удалось затормозить проведение секуляризационных мероприятий Елизаветы Петровны, оно было уже не в силах предотвратить решение этого назревшего вопроса. Положение крестьян в духовных вотчинах все более ухудшалось, а их волнения и восстании приняли еще больший размах.
21 марта 1762 г. Петр III издает указ о секуляризации церковных имений. Все монастырские и архиерейские крестьяне с их землями передавались в ведение восстановленной Коллегии экономии, которая подчинялась Сенату. Помимо подушной подати, крестьяне должны были платить в казну рублевый оброк. Естественно, духовенство, особенно крупное, было крайне недовольно этой мерой. Поэтому Екатерина II, вступившая в июне 1762 г. на престол в результате дворцового переворота и старавшаяся вначале завоевать расположение духовенства, своим указом от 12 августа 1762 г. отменила секуляризацию, намечавшуюся ее мужем Петром III.
Но это был временный шаг. Екатерина II скоро поняла, что позиции духовенства в стране ослаблены, дворянство его не поддерживает, так что с этой стороны ей не угрожает опасность. В то же время движение церковных крестьян ширилось и росло. Несколько позднее она писала Вольтеру, что при ее воцарении движение охватило «более 100 тыс. церковных крестьян, взявшихся за оружие потому, что терпели тираническое притеснение».