В середине мая из Черкасска вышло несколько крупных повстанческих отрядов. На запад, в сторону Слободской Украины направился отряд под командованием атамана Семена Драного. Вскоре он пополнился запорожскими казаками и 8 июня около Валуек разбил Сумской полк под командованием бригадира Шидловского. В том бою принимал участие и отряд Тихона Белогородца, состоявший из работных людей. Но в дальнейшем на своем пути повстанцы встретили многочисленную армию Долгорукова и 2 июля в бою в урочище Криная Лука под Тором были разбиты, погиб и их атаман Семен Драный. Несмотря на это поражение, восстанием был охвачен весь район вплоть до Днепра. Тут действовали многочисленные местные отряды повстанцев, они предлагали заготовить острые колья, на которые «сажать старшин да подъячих».
На Волгу ушел отряд Ивана Павлова, состоявший в основном из бурлаков, ярыжек и беглых, а спустя некоторое время сюда направилось и войско под командованием казака-старовера Игната Некрасова. 7 июня они овладели большей частью Царицына, осадив внутри его «малую крепость». Однако попытки взять Саратов окончились неудачей: трудно было выстоять перед 4-тысячной калмыцкой конницей, присланной сюда ханом Аюком. Но восстание распространилось на все Поволжье. В Нижнем Новгороде на кремлевской стене появилась надпись «Быть бунту».
В центре, а также в верховьях Дона и на Хопре действовало повстанческое войско под предводительством атамана Никиты Голого. В своих «прелестных письмах» он призывал к себе «нагих и босых»» чтобы идти на «бояр» и перебить их. Здесь движение распространилось и на ближайшие к Дону уезды — Воронежский» Тамбовский» Борисоглебский» Козловский» Пензенский и др.
В конце июня из Черкасска в Азов вышло походное 5-тысячное войско во главе с атаманом Хохлачем. 6 июля повстанцы вступили в Азов и заняли часть его. Однако затем в ходе боя они не выдержали мощного артиллерийского огня и наступления правительственных войск и вынуждены были отступить.
Поражение под Тором и Азовом ободрило заговорщиков. Собравшись на тайный совет, они решили немедленно воспользоваться ослаблением позиций Булавина, выступить против него и тем самым заслужить прощение властей. 7 июля они окружили дом Булавина в Черкасске, в котором он жил, и, несмотря на упорное сопротивление обороняющихся, ворвались в него и застрелили Булавина, а примерно 50 человек его товарищей арестовали. Тогда же И. Зерщиков был избран новым атаманом Войска Донского. На этом заканчивается второй этап крестьянской войны под руководством Булавина, когда она достигла своего наивысшего подъема.
Правительство, естественно, было весьма обрадовано вестью о гибели Булавина, считая, что тем самым покончено и с восстанием. По этому поводу в Москве хотели организовать даже «молебствие» и праздничную «пушечную пальбу», но, опасаясь народных волнений, не решились на это.
Однако власти поторопились праздновать победу. Начался третий этап крестьянской войны, и хотя он был этапом отступления и подавления движения, восставшие не сдавались без боя. Преследуемые и окруженные карателями, они храбро сражались и в отдельных случаях даже одерживали победы. Особенно упорную борьбу вели сподвижники Булавина Иван Павлов, Никита Голый и Игнат Некрасов.
Так, 17 июля повстанцы под командованием Павлова полностью овладели Царицыном, хотя через несколько дней под напором правительственных войск вынуждены были сдать его. Но, уходя от преследования вверх по Волге, Павлов через некоторое время сумел вновь организовать отряд из 3 тыс. человек. В районе Паншина городка действовал Некрасов. Он держался до конца августа и лишь поражения под Есауловым и Паншиным заставили его вместе с 2 тыс. повстанцев, в том числе с женщинами и детьми, бежать на Кубань. Здесь они хотя и оказались под властью турок, но основали вольную казацкую республику. Дольше всех держался Никита Голый. 27 сентября у Донецкого городка он одержал свою последнюю крупную победу, разбив полуторатысячный отряд полковника И. Бильса и захватив хлебный караван из 170 будар. Но в сражении у Решетовской станицы 5 ноября Голый был разбит войсками Долгорукова. С горсткой своих соратников ему удалось уйти, однако 2 февраля 1709 г. он был схвачен и вместе с другими отправлен в Воронеж для следствия. Восстание на Дону было в основном подавлено.