Десятки тысяч людей отказались принять нововведения. Подвергаясь гонениям, они покидали свои жилища и семьями уходили в леса, селились в труднодоступных «зверопаственных» местах, подальше от всякого административнорелигиозного контроля. Север, Заволжье, Урал и Сибирь стали основными районами, где водворились старообрядцы. Но и в городах, включая Москву, Новгород и другие пункты, это движение стало внушительным. Имели место прямые столкновения старообрядцев с царскими войсками, проводившими облавы на «богоотступников».
Политический крах Никона, его отлучение от патриаршества, подтвержденное церковным собором 1666 г. в присутствии восточных патриархов, не погасили пламя раскола. Оно бушевало во многих местностях. Наиболее известно Соловецкое восстание 1668–1676 гг., в ходе которого старообрядцы сыграли огромную роль. «Прения о вере» бурно протекали в столице. У церквей собирались «мужики простые купами», вызывая обоснованный страх в верхах. Восстание 1682 г. в Москве также имело самое прямое отношение к движению старообрядцев, в их среде было много стрельцов. Официальная церковь и правительство пытались сокрушить раскольников и в богословских спорах, но безуспешно. Вызванный на диспут в присутствии царевны Софьи один из лидеров старообрядцев, Никита Пустосвят, после словесного поединка был схвачен и отправлен на плаху. Неистовый противник церковных нововведений протопоп Аввакум оказался в долгой пустозерской ссылке и там подвергся жестокой казни — его сожгли в срубе.
Независимо от воли расколоучителей движение старообрядцев выливалось в различные формы протеста против существующих порядков, приобретало социальную окраску. Фанатичные представители раскола стали прибегать к изуверским способам отказа от официальной церкви. Они толкали своих последователей, включая детей, женщин и стариков, на коллективные самоубийства. Из разных мест страны (прежде всего с Севера и из Сибири) стали поступать страшные вести о самосожжениях десятков и сотен людей. Проповедь «крещения огнем» как знака приверженности «истинной» вере и средства очищения от «земных грехов» уводила сторонников раскола от активной борьбы с социальным злом. Вместе с тем столь страшный исход, как самосожжение, указывал на непримиримость вовлеченных в раскол людей с господствовавшей общественной системой.
Адаптация старообрядческого движения к условиям «эпохи проходила с большим трудом. Во второй половине XVII в. старообрядчество из эфемерного состояния начинает дифференцироваться, из него выделяются различные течения — «толки». Нередко под термином «раскольник», «старообрядец» скрывались самые разнообразные оппозиционные церкви элементы, в том числе те, которые стали именоваться сектантами. Одной из наиболее ранних сект, истоки которой лежат в дониконовском периоде истории православной церкви, были последователи старца Капитона (их нередко именовали «капитонами»). Аскетический образ жизни Капитонов, участие в труде, отказ от некоторых обрядов, отрицание священств и таинств импонировали крестьянской рядовой массе и множили число последователей учения в уездах Центральной России. Возникли секты не признававших священников (беспоповцы), иконоборцев, «бегунов» и др. Но они были еще малочисленными по составу и главную оппозиционную массу составляли раскольники-старообрядцы.
Особого обострения вопрос о старообрядцах достиг в годы патриаршества Иоакима — их ярого противника. Стремясь идейно разоружить и подавить отступников, официальная церковь не жалеет сил и средств на публицистическо-разоблачительные произведения. В ответ появляется старообрядческая литература, обличающая «никониан». Рукописные произведения этого рода получили широкое хождение по стране. Укрываясь в далеких краях от преследователей, старообрядцы везли с собой рукописи и старопечатные книги, которые нещадно уничтожала никонианская церковь при поддержке светской администрации. Современные археографические экспедиции в места обитания раскольников обнаружили там и сохранили для науки немало ценных литературных памятников. В культурно-историческом плане такие находки в сочетании с изучением художественного и музыкального наследия старообрядческих общий дали очень много для понимания путей духовного развития на пороге перехода от средневековья к новому времени.